Son père Max, venu de Franche-Comté à Paris, était négociant en fruits et primeurs. Sa mère, Anne Kaufmann, était d'origine suisse.
Célibataire
Après un baccalauréat en droit et une année d’hypokhâgne au lycée Condorcet, Guy Monnot poursuit ses études aux facultés pontificales du Saulchoir (France). En 1958 il est licencié et lecteur en théologie. Il fait deux ans d’études arabes à Tunis auprès des Pères Blancs puis rejoint l’Institut Dominicain d’Études Orientales (Le Caire), où il est affecté de septembre 1960 à mai 1966. Il côtoie les fondateurs de la maison dominicaine (Serge de Beaurecueil, Georges Chehata Anawati, Jacques Jomier), fréquente universitaires d’al-Azhar et représentants de l'intelligentsia égyptienne (Ibrahim Madkour, Naguib Mahfouz, Taha Hussein...). En 1961-62, il est auditeur à l'université 'Ayn Shams. De 1966 à 1969 il poursuit des études supérieures à la faculté des lettres de l’Université de Téhéran et obtient un diplôme en langue et littérature persanes, dans la section d'enseignement pour étudiants étrangers dirigée par S. Hossein Nasr. Il se présente à Henry Corbin, alors directeur de l'Institut franco-iranien, et en 1969 s'inscrit sous sa direction en diplôme à la Ve Section de l’EPHE. À partir de cette date et durant la décennie suivante, Guy Monnot partage son temps entre Paris et Le Caire (il prendra la direction de l'IDEO de 1971 à 1977). À l'EPHE il suit les conférences de Henry Corbin (philosophie islamique), Henri-Charles Puech (manichéisme), Philippe Gignoux (mazdéisme sassanide) et Anne-Marie Esnoul (hindouisme). En 1972 il obtient un doctorat de 3e cycle en études islamiques sous la direction de Roger Arnaldez (Université Paris-Sorbonne) et le diplôme de l'EPHE (sous la direction de Corbin) pour une étude portant sur la réfutation du manichéisme et du mazdéisme chez le théologien mu‘tazilite ‘Abd al-Jabbâr. En 1986, il soutient sur travaux un doctorat d’État sous la direction de Mohammed Arkoun (Université Paris III - Sorbonne Nouvelle).
Directeur d’études de 1981 à 1994 sur la chaire « Islam : exégèse coranique »
1971-1977 : Directeur de l’Institut Dominicain d’Études Orientales (IDEO), Le Caire
1991-1992 : Président de la Société Française d'Histoire des Religions (Société Ernest-Renan)
Islamisant et iranisant, Guy Monnot s'est intéressé à ce que les penseurs musulmans ont connu et compris des autres religions, tout d'abord à travers le Kitâb al-Mughnî du théologien mu'tazilite 'Abd al-Jabbâr, auquel il consacra sa thèse et qui contient la plus importante réfutation musulmane du manichéisme et du mazdéisme, puis dans les écrits hérésiographiques de Fakhr al-Dîn al-Râzî, Mâturîdî ou encore Bâqillânî. Mais c'est surtout dans le Kitâb al-milal wa'l-nihal de Shahrastânî, dont il publia avec ses collègues Daniel Gimaret et Jean Jolivet une traduction annotée (le Livre des religions et des sectes, 2 vols, 1986 et 1993) que Guy Monnot vit le sommet d'une "histoire musulmane des religions".
Titulaire, de 1981 à 1994, de la chaire d'exégèse coranique à la Section des sciences religieuses de l'EPHE, Guy Monnot a renouvelé cette discipline majeure de l'islamologie en en faisant le centre de gravité de plusieurs autres domaines de recherche : théologie, spiritualité, littérature, hérésiologie, histoire comparée des religions. Il consacra une part importante de son enseignement à l'herméneutique spirituelle (ta'wîl) de Nizâm al-Dîn al-Nîsâbûrî, ainsi qu'aux Mafâtih al-asrâr de Shahrastânî, commentaire coranique monumental dont il mit en évidence la perspective ismaélienne.
Ouvrages en nom propre
Penseurs musulmans et religions iraniennes. 'Abd al-Jabbâr et ses devanciers, Paris : Vrin (Études musulmanes XVI), 1974, IX-348 p.
Islam et religions, Paris : Maisonneuve et Larose, Islam d'hier et d'aujourd'hui 27, 1986, 307 p.
Ouvrages en collaboration
Avec D. Gimaret (traduction avec introduction et notes), al-Shahrastânî, Livre des religions et des sectes, t. 1, Louvain : Peeters-Unesco, Collection Unesco d'œuvres représentatives. Série arabe, 1986, XXV-727 p.
Avec J. Jolivet (traduction avec introduction et notes), al-Shahrastânî, Livre des religions et des sectes, t. 2, Louvain : Peeters-Unesco, Collection Unesco d'œuvres représentatives. Série arabe, 1993, XIV-578 p.
Sélection d'articles et de contributions
"Les écrits musulmans sur les religions non-bibliques", Mélanges de l'Institut dominicain d'études orientales 11, 1972, p. 5-48
"Sabéens et idolâtres selon 'Abd al-Jabbâr", MIDEO 12, 1974, p. 13-48
"Mâtoridî et le manichéisme", MIDEO 13, 1977, p. 39-66
"La réponse de Bâqillânî aux dualistes", dans Recherches d'islamologie. Recueil d'articles offerts à Georges C. Anawati et Louis Gardet, Louvain, 1977, p. 247-260
"Pour le dossier arabe du mazdéisme zurvanien", Journal Asiatique 268, 1980, p. 233-257
"Les doctrines des chrétiens dans le Moghnî de 'Abd al-Jabbâr", MIDEO 16, 1983, p. 9-30
"La démarche classique de l'exégèse musulmane", dans M. Tardieu (éd.), Les règles de l'interprétation, Paris : Cerf, 1987, p. 147-161.
"Le commentaire d'al-Shahrastânî sur Coran 2,62 (édition et traduction)", dans Mélanges en hommage au professeur et au penseur libanais Farid Jabre, Beyrouth : Publications de l'Université libanaise. Section des études philosophiques et sociales XX, 1989, p. 147-166
"Les dieux dans le Coran", dans J. Waardenburg (éd.), Scholarly Approaches to Religion, Interreligious Perceptions and Islam, Berne, Studia religiosa helvetica 1, p. 245-259
"Le commentaire de Râzî sur le Voyage nocturne", dans M. A. Amir-Moezzi (éd.), Le voyage initiatique en terre d'Islam. Ascensions célestes et itinéraires spirituels, Louvain-Paris : Peeters, Bibliothèque de l'Ecole des Hautes Etudes. Sciences religieuses 103, 1996, p. 57-65
"Vision de Dieu et bonheur de l'homme dans le Commentaire de Fakhr al-Dîn al-Râzî", dans E. Chaumont (éd.), Autour du regard. Mélanges Gimaret, Louvain-Paris, 2003, 63-75
"Les marcionites dans l'hérésiographie musulmane", dans B. Lauret et M. Tardieu (éd.), Adolf von Harnack, Marcion. L'évangile du Dieu étranger, Paris : Cerf, 2003, P. 403-417.
"Opposition et hiérarchie dans la pensée d'al-Shahrastânî", dans M. A. Amir-Moezzi, Ch. Jambet et P. Lory (éd.), Henry Corbin : philosophies et sagesses des religions du Livre, Turnhout: Brepols, Bibliothèque de l'Ecole des Hautes Etudes. Sciences religieuses 126, 2005, p. 93-104
Religieux de l'Ordre dominicain (à partir de 1952) et prêtre catholique (à partir de 1956)
Mohammad Ali Amir-Moezzi (dir.), Islam : identité et altérité. Hommage à Guy Monnot, o.p., Turnhout : Brepols, 2013, 420 p.
Dominique Avon, Les Frères prêcheurs en Orient. Les dominicains du Caire (années 1910-années 1960), Paris : Cerf, 2005, 1029 p.
Émmanuel Pisani (o.p.), « Guy Monnot (28 décembre 1928-4 avril 2016) », Mélanges de l’Institut Dominicain d’Études Orientales 32, 2017, p. 304-308