Daniel Gimaret entre à l'École normale supérieure en 1955. Trois ans plus tard, il est agrégé de lettres. En 1960, il obtient le diplôme d’arabe littéral de l’École nationale des langues orientales vivantes, et devient docteur ès lettres en 1979.
De 1973 à 1998, il a été directeur d’études à l’EPHE.
En 1962, Daniel Gimaret a enseigné au lycée Ronsard (Vendôme) et au lycée franco-libanais de Beyrouth jusqu'en 1965. De 1966 à 1973, il a été attaché, puis chargé de recherches au CNRS, et membre de la Société asiatique (Paris, président honoraire), de la Société Ernest-Renan (Paris) et de l’Association française pour l’Étude du Monde arabe et musulman, puis membre de la Section des Langues et Civilisations orientales du Comité national du CNRS (secrétaire scientifique de 1970 à 1975, du Bureau de la Section des Sciences religieuses de l’EPHE de 1979 à 1983 et des Conseils scientifiques de l’Institut français de Recherche en Iran de 1979 à 1991, de l’Institut français d’Études arabes de Damas de 1981 à 1997 et des Conseils scientifique et d’administration de l’Institut français d’Archéologie orientale (Le Caire, depuis 1999).
Daniel Gimaret a été rédacteur gérant du Journal asiatique de 1970 à 1993 et responsable de la rédaction du Bulletin critique des Annales islamologiques de 1984 à 1998. Il a collaboré à la rédaction de l’Encyclopaedia Iranica et de l’Encyclopédie de l’Islam.
Les domaines de recherche de Daniel Gimaret ressortent clairement de sa bibliographie. Le principal d’entre eux aura été l’étude des diverses doctrines théologiques (au sens très large du terme incluant éventuellement philosophie ou politique) en islam à l’époque classique (soit celle correspondant à notre Moyen Age). Cette étude aura porté en particulier sur deux écoles rivales, celle dite mu’tazilite et celle issue du théologien Ash’arî (mort en 935 de notre ère), cela selon diverses approches: édition critique de textes, traductions abondamment annotées, monographies, études de cas opposant les différentes écoles, enquêtes bibliographiques. Dans ce contexte, et bien naturellement, un rôle important a été accordé d’une part à l’exégèse coranique, d’autre part à l’étude des traditions prophétiques (sunna).
- « Bouddha et les bouddhistes dans la tradition musulmane » (in Journal asiatique), 1969.
- Le Livre de Bilawhar et Bûdâsf selon la version arabe ismaélienne (introduction et traduction), 1971.
- Kitâb Bilawhar wa Bûdâsf (édition critique), 1972.
- « Matériaux pour une bibliographie des Gubbâ’î » (in Journal asiatique), 1976.
- « L’Épître des définitions attribuée à Kindî » (in Al-Kindî, cinq Épîtres), 1976.
- « Les Usûl al-hamsa du qâbî ‘Abd al-Gabbâr et leurs commentaires » (in Annales islamologiques), 1979.
- Théories de l’acte humain en théologie musulmane (thèse de doctorat), 1980.
- Abû Muhammad b. Mattawayh. Kitâb al-Majmû‘ fi l-Muhît bi-l-Taklîf, II (édition critique en collaboration avec J.-J. Houben), 1981.
- « Bibliographie d’Ash‘arî : un réexamen » (in Journal asiatique), 1985.
- Shahrastani. Livre des religions et des sectes, I (traduction annotée en collaboration avec G. Monnot), 1986.
- Abû Bakr b. Fûrak. Mugarrad maqâlât al-Ash‘arî (édition), 1987.
- Les noms divins en Islam, 1988.
- La doctrine d’al-Ash‘arî, 1990.
- Une lecture mu‘tazilite du Coran. Le Tafsîr d’Abû ‘Alî al-Djubbâ’î (m. 303/915), partiellement reconstitué à partir de ses citateurs, 1994.
- Dieu à l’image de l’homme. Les anthropomorphismes de la sunna et leur interprétation par les théologiens, 1997.
- Abu bakr b. Furak, Muskil al-hadit aw ta’wil al-ahbar al-mutasabiha, 2003.
- Abu Muhammad b. Mattawayh, al-Tadkira fi ahkam al-gawahir wa l-a’rad, 2009.