Marié avec Maryvonne-Angélina Rouret en 1954. Ils ont eu quatre enfants : Myriam, Jacques, Ariel, Elisabeth
Gérard Nahon a étudié aux lycées Louis Barthou (Pau), Hoche (Versailles), Henri IV (Paris), à la Faculté des Lettres (Paris), à l'Institut National des Langues et Civilisations Orientales et à l'EPHE Sciences historiques et philologiques et Sciences religieuses. Il a été élève de Bernhard Blumenkranz, Pierre Chaunu, André Dupont-Sommer, Jean Favier, Robert Fawtier, I.-S. Révah, Simon Schwarzfuchs, Charles Touati, Georges Vajda.
Gérard Nahon a été directeur d'études à l'EPHE de 1977 à 2000.
Gérard Nahon a été dans l'enseignement secondaire de 1954 à 1965 et au CNRS de 1965 à 1978. Il a dirigé le Laboratoire CNRS ER 208 Nouvelle Gallia Judaica de 1981 à 1993.
Gérard Nahon a été au secrétariat puis à la direction de la Revue des Études juives de 1980 à 1997. Il a dirigé la « Collection de la Revue des études juives » aux Éditions E. Peeters à Louvain, de 1980 à 2015 (56 volumes publiés). Il a donné des cours à l’INALCO, Institut National des Langues et Civilisations Orientales de 1969 à 1980, des conférences au Séminaire Israélite de France de 1972 à 2000, à l’Institut d’Études du Judaïsme (Martin Buber) et à l'Université Libre de Bruxelles de 1972 à 1996.
Judaïsme médiéval de la France, diaspora des juifs portugais, XVIe-XVIIIe siècles.
- « Les rapports des communautés judéo-portugaises de France avec celle d'Amsterdam au XVIIe et au XVIIIe siècle », Studia Rosenthaliana X (1976), fasc. 1, p. 37-78, fasc. 2 p. 151-188.
- « Pour une approche des attitudes devant la mort au XVIIIe siècle : sermonnaires et testateurs juifs portugais à Bayonne », Revue des Études Juives CXXXVI (1977), p. 1-123 (= Mémoire pour le Diplôme de l'École Pratique des Hautes Études, Section des Sciences religieuses, préparé sous la direction de M. Georges Vajda : rapporteurs : MM. Charles Touati et François Secret).
- Menasseh ben Israël, Espérance d'Israël. Introduction, traduction et notes (avec Henri Méchoulan), Paris : Vrin, 1979.
- Hommage à Georges Vada, Études d'Histoire et de pensée juives (avec Charles Touati), Louvain : Peeters 1980.
- Les “Nations” juives portugaises du Sud-Ouest de la France (1684-1791) Documents, Paris : Fondation Calouste Gulbenkian, Centre Culturel portugais 1981.
- « Yeshivot hiérosolymites au XVIIIe siècle », dans Gilbert Dahan (éd.), Les juifs au regard de l'histoire. Mélanges en l'honneur de Bernhard Blumenkranz, Paris : Picard 1985, p. 301-326.
- Inscriptions hébraïques et juives de France médiévale, Paris : Les Belles Lettres (Collection Franco-Judaica, dirigée par Bernhard Blumenkranz), 1986.
- Métropoles et périphéries séfarades d'Occident. Kairouan, Amsterdam, Bayonne, Bordeaux, Jérusalem, Paris : Cerf, 1993.
- Direction de la rubrique (et articles) “Littératures hébraïques et du Proche Orient Antique” dans le Dictionnaire Universel des Littératures, dirigé par Béatrice Didier, Paris : PUF, 1994.
- « Les études juives à l'École Pratique des Hautes Études, Section des Sciences Religieuses 1895-1979 », Les Études juives en Europe hier et aujourd'hui. Hommage à René-Samuel Sirat = Yod, Revue des études hébraïques et juives modernes et contemporaines, nouvelle série n° 1-2, Paris : Publications Langues 'O, 1996, p. 119-132.
- La Terre sainte au temps des Kabbalistes 1492-1592, Paris : Albin Michel 1977.
- Rashi et la culture juive en France du Nord au moyen âge (avec Gilbert Dahan et Elie Nicolas), Paris-Louvain : E. Peeters, Collection de la Revue des Études juives dirigée par Gérard Nahon et Charles Touati), 1997.
- « Les juifs de Paris à la veille de l'expulsion de 1306 », dans Jean Kerhervé et Albert Rigaudiere (éd.), Finances, pouvoirs et mémoire, recueil d’hommages à Jean Favier, Paris : Fayard 1999, pp. 27-40.
- Juifs et judaïsme à Bordeaux, Bordeaux : Mollat, 2003.
- « Les juifs en Normandie au Moyen Age », dans Gilbert Dahan (dir.), Nicolas de Lyre, Franciscain du XIVe siècle, exégète et théologien, Troyes Médiathèque, Grand Troyes, Paris, Institut d’Etudes Augustiniennes 2011, p. 29-50.
Danièle Iancu-Agou et Carol Iancu (dir.), L’écriture de l’histoire juive, Mélanges en l’honneur de Gérard Nahon, Paris-Louvain : E. Peeters, 2012.
Evelyne Oliel-Grausz, « Nahon, Gerard (1931–) » dans Encyclopaedia judaica, Second Edition, New York : Thomson Gale 2007, Volume 14, p. 754-755.
Danièle Iancu-Agou, « Gérard Nahon », dans Tessa Calders et Esperança Valls, Homenatge Eduard Feliu, IV Congrés per a l’estudi dels Jueus en territoris de llengua catalana, Barcelone: Flaixos Juïcs, 2010, pp. 41-89 [avec bibliographie].