Après une longue période de nomadisme due à la profession de son père (médecin de la marine), Jean-Michel Leniaud prépare l'Ecole des chartes au lycée de Pierre-de-Fermat à Toulouse, dans l'idée de suivre plus commodément au conservatoire de musique de cette ville la classe d'orgue du célèbre organiste Xavier Darasse.
Jean-Michel Leniaud entre à l'Ecole des chartes en octobre 1972. Déjà licencié en histoire, puis en histoire de l'art, il s'inscrit à l'Institut d'art et d'archéologie (Paris-Sorbonne), suit particulièrement les cours de Louis Grodecki, de Jacques Thuillier, d'André Fermigier et surtout de Bernard Dorival et à l'EPHE ceux de Jean Favier, d'Alain Erlande Brandenburg et de François Lesure. Mais c'est Guy Thuillier, alors chargé de conférences, puis directeur d'études, qui le forme au métier d'historien.
Il soutient en 1976 sa thèse pour le diplôme de l'Ecole des chartes devant un jury notamment composé de Jacques Thirion, professeur à l'Ecole, et de Bernard Dorival, professeur à Paris Sorbonne. Puis il passe le concours de l'inspection des monuments historiques pour être recruté par le ministère de la culture en décembre 1976.
Diplômé de l'Ecole pratique des hautes études en 1978 (sous la direction d'Alain Erlande Brandenburg) ;
1988-1990 : Chargé de conférence d'Histoire de l'architecture occidentale au XIXe siècle, à la section des sciences historiques et philologiques.
Depuis 1990 : Directeur d'études à la section des sciences historiques et philologiques pour la conférence d'histoire de l'architecture occidentale aux XIX et XXe siècles ;
Successivement délégué à la recherche puis directeur de l'Ecole doctorale de la section ;
Membre du conseil scientifique (deux mandats) et du conseil d'administration pendant trois mandats.
Après son stage d'inspecteur des monuments historiques, Jean-Michel Leniaud est nommé adjoint à la région Île-de-France, puis responsable de la région Champagne-Ardenne. En avril 1979, il est désigné conservateur régional des monuments historiques de la région Rhône-Alpes, en résidence à Lyon.
En 1983, il revient à Paris, au ministère de la Culture, comme chef de la division des affaires générales et de la protection puis, en 1986, comme chef de la division du patrimoine mobilier.
Malgré une intense activité administrative, il obtient le diplôme de l'EPHE en 1978, le doctorat d'Etat en droit de l'université de Paris Panthéon Assas (Claude Goyard dir.) en 1988 et l'habilitation à diriger les recherches en sciences humaines de l'université Paris Sorbonne (Bruno Foucart parrain.) en 1990.
En décembre 1990, il est choisi par Dominique Ponnau, alors directeur de l'Ecole du Louvre, pour créer une cycle préparatoire au concours de conservateur du patrimoine ; il en exerce la responsabilité jusqu'en 2011.
Dans le même temps, il est nommé professeur à l'Ecole du Louvre (chaire d'histoire de l'architecture et cours d'histoire du patrimoine et des collections).
En 1992, il est recruté par Emmanuel Poulle, directeur de l'Ecole des chartes, comme chargé de cours d'Histoire de l'art des XIXe et XXe siècles à l'Ecole nationale des chartes. Il est nommé professeur cumulant en 1996.
Il exerce les fonctions de directeur de l'Ecole des chartes de septembre 2011 à septembre 2016.
Président de l'association Livraisons d'histoire de l'architecture et rédacteur en chef de la revue du même nom.
Président de la Société des Amis de Notre-Dame de Paris.
Administrateur du Fonds de dotation Pierre Mesmer
Administrateur de la Fondation pour le rayonnement de la trompe musicale
Vice-président de l'association des anciens honneurs héréditaires
La politique du patrimoine ; l'histoire du patrimoine ; l'histoire de la restauration monumentale ; l'histoire de l'architecture ; l'Art nouveau ; Art et pouvoir ; art et religion.
Parmi les plus récents
Saint-Denis, de 1760 à nos jours, Paris : Gallimard-Julliard, 1996.
Les Bâtisseurs d'avenir : portraits d'architecte : XIXe-XXe siècle : Fontaine, Viollet-le-Duc, Hankar, Horta, Guimard, Tony Garnier, Le Corbusier, Paris : Fayard, 1998.
Les Archipels du passé : le patrimoine et son histoire, Paris : Fayard, 2002.
Charles Garnier, Monum-Le Patrimoine, 2003.
La Révolution des signes : l'art à l'église, 1830-1930, Paris : Cerf, 2007.
Vingt siècles d'architecture religieuse en France, Paris : SCEREN-CNDP, 2007.
La Sainte-Chapelle, Le Patrimoine-Centre des monuments nationaux, 2007 (avec Françoise Perrot). Rééd. 2016.
L’Art nouveau, Paris : Citadelles et Mazenod, 2009.
La Basilique royale de Saint-Denis : de Napoléon à la République, Paris : Picard, 2012.
La Basilique Saint-Denis, Le Patrimoine-Centre des monuments nationaux, Paris, 2012 (avec Philippe Plagnieux). Rééd. 2016.
Napoléon et les Arts, Paris : Citadelles et Mazenod, 2012.
Droit de cité pour le patrimoine, Montréal : Presses de l'université du Québec, 2013, 303 p.
Viollet-le-Duc, les visions d'un architecte (dir. avec Laurence de Finance), Norma, 2014, 238 p.
Direction de l'édition des Procès verbaux de l'Académie des beaux-Arts 1811-1871), 10 volumes parus.
Rédaction des Livraisons d'histoire de l'architecture : 32 volumes parus.
Ancien président de l'association des conservateurs régionaux des monuments historiques (1981-1983)
ancien administrateur de l'association des professeurs d'histoire de l'art et d'archéologie des universités (APHAU)
ancien vice-président de la société de l'Ecole des chartes
vice-président de l'association des anciens honneurs héréditaires
président de la Société des Amis de Notre-Dame de Paris