Hélène Puiseux vient d'une famille bourgeoise. Ses parents, artistes, se séparent alors qu'elle est jeune. Elle reçoit une éducation catholique qu'elle abandonne définitivement dès l'âge de 14 ans.
Elle est célibataire et mère d'un enfant, Jacques, né en 1954.
Elle obtient une licence d'Histoire et Géographie à Paris en 1954, puis trois certificats d'Histoire de l'Art à Dijon en 1953. Par la suite, elle obtient un doctorat d'Histoire à Paris X en 1978 (Les actualités cinématographiques allemandes de 1918 à 1933, inventaire et analyse 6 tomes).
A partir du 1er janvier 1965, elle travaille à l'EPHE en tant que chef de travaux. Elle est ensuite maître de conférences de 1978 à 1986 et directeur d'études de 1986 à 2001.
Hélène Puiseux a été professeur de français à l'Alliance Fançaise et à l'Université de San Luis Potosi au Mexique de 1954 à 1956. Elle a également été professeur d'histoire et géographie et de français à Notre-Dame de Sion et au Cours Victor Hugo à Paris de 1957 à 1962. Elle fut chargée des relations publiques aux éditions Hatier de 1962 à 1965 et membre du bureau de la Ve section présidé par Claude Tardits de 1983 à 1986. Hélène Puiseux s'est passionnée pour les archives de la section des Sciences religieuses.
- Petits dérangements du monde. Le cinéma et l’insoluble, Paris, Éditions du Félin, 225 p., avril 2007.
- Les figures de la guerre, représentations et sensibilités, 1839-1996. 270 p., 62 illustrations. Paris, Gallimard, collection Le temps des images, septembre 1997.
- Des secrets mal gardés, essai sur le secret dans la littérature, l'opéra et le cinéma, Ed. du Félin, mars 1990, 206 p.
- L'apocalypse nucléaire et son cinéma, Ed. du Cerf, Coll. 7e Art, 1988, 235 p.
Articles dans ouvrages collectifs
-« Cinématographie d’un bouleversement, À l’ouest des rails, Wang Bing, 2003 », in Wang Bing, un cinéaste en Chine aujourd’hui, sous la direction de Caroline Renard, coordonné avec Isabelle Anselme et François Amy de la Bretèque, Presses Universitaires de Provence, collection Arts, Aix-Marseille, avril 2014, pp 93-108. (paraitra traduit en anglais courant 2015)
- « Escalier E, Ier étage à gauche : Ernest-Marie Laperrousaz et la Section des Sciences religieuses » in Jérusalem antique et médiévale, Mélanges en l’honneur d’Ernest-Marie Laperrousaz, sous la direction de Caroline Arnould-Béhar et André Lemaire, Peeters, collection de la Revue des Études juives dirigée par Simon C. Mimouni et Gérard Nahon, Paris-Louvain-Walpole, 2011, pp. 1-16.
- « Problème d’analyse cinématographique : la perspective mythologique », in Annuaire de l'Ecole pratique des hautes études, Sciences religieuses, t. 111 (2002-2003), Paris, EPHE, 2004, pp.31-56.
-« Espaces, temps et perspectives filmiques du mythe des morts-vivants », in {Cinéma et Littérature}, volume collectif, Et. Lojacono, H. Dethier, S. Keuleers, D. Biltereyst, W. Elias, S. Schillemans ed., Année européenne du cinéma et de la télévision, colloque organisé par la Vrije Universiteit Brussel du 5 au 8 octobre 1988, Brussel, VUB Press, 1991, pp. 23-39
Articles de revues
- « Images de l'ère nucléaire, élaboration d'un modus vivendi », Revue des Deux Mondes,septembre 2003, pp. 67-94.
- « D'un paradis conflictuel à une Terre promise : les Easterns. Images d’un mythe américain » in Carnets de Psychanalyse, n° 13-14, Paris, janvier 2003.
- « A corps perdus », in Cinéma, rites et mythes contemporains, n°15 Sciences, créateurs, créatures, Paris, EPHE, octobre 1992, pp. 51-84, ISSN 0765-1287.
-« Un sacrifice pour deux » (analyse des victimes dans les trois premiers films parlants consacrés à Frankenstein), in Cinéma, rites et mythes contemporains, n°13-14, Paris, EPHE, 1991, pp. 13-34 ISSN 0765-1287.