Après une Maîtrise de Biologie animale (Lille, B, 1966 -1969) Alain Van Wormhoudt s’oriente vers la Biologie Marine tout d’abord par des stages de Biologie Marine (Wimereux, Roscoff, Banyuls, Villefranche s/Mer) de 1966 à 1970 puis vers une Maîtrise et un DEA d’Océanographie obtenus à Marseille II en 1970.
Par la suite il obtient une thèse de 3e cycle en Océanographie (dir. Y. Le Gal et H.J. Ceccaldi) à Marseille II en 1974, une bourse du Japon (JSPS) à la Faculté des pêcheries Kagoshima ; Pr Kanazawa (1977), une thèse Doctorat d'État en Sciences (dir. H.J. Ceccaldi) à Aix-Marseille en1980 et une bourse Fulbright à l’université de San Diego (Pr Selverston) en 1990.
DECU, Directeur du Laboratoire EPHE « Evolution Moléculaire et Adaptation » (1997 - 2011). Membre élu du bureau de la 3e section EPHE (2002-2003). Responsable élu du département « Milieux, Organismes et Évolution » de l’EPHE (2003-2006).
Boursier de formation CNEXO de 1971 à 1973 puis Boursier de la Fondation pour la Recherche Médicale de 1973 à 1974 et Chercheur contractuel CNEXO : Université d’Aix-Marseille (1973-1975), Alain Van Wormhoudt a été recruté d’abord comme Attaché de recherches CNRS (LA 41, Station Marine d’ Endoume) en Section 16 « Océanographie Biologique et Physique » de 1975 à 1981 puis Chargé de recherches CNRS au laboratoire de Biologie Marine de Concarneau : section 31 « Biologie des Organismes» de 1981 à 1990 et enfin Directeur de recherches CNRS : section 28 « Biologie des Organismes et du développement » de 1990 à 2004 et section 29 « Biodiversité, évolution et adaptations biologiques ; des macromolécules aux communautés” » de 2004 à 2011. Enfin, directeur de Recherche Honoraire au MNHN (2012-2019). Membre élu au Conseil d'administration de l’IUT de Quimper de 1984 à 1987. Membre de la commission de spécialistes de l’UBO (1990-1994) et responsable de l’équipe « Ecogénétique » de l’UMR 5178 « BOME » de 2003 à 2008.
L’« Ecogénétique » apparaît comme l’étude du dialogue entre le génotype et le milieu. Elle semble être une voie prometteuse pour la compréhension des mécanismes de l’évolution et l’étude de la structuration des populations naturelles. Il s’agit d’analyser les paramètres biologiques et environnementaux affectant la distribution de la diversité génétique des espèces au sein des écosystèmes. L’étude du polymorphisme moléculaire est ainsi favorisée car elle apporte des informations pertinentes sur les populations naturelles.
L’utilisation de marqueurs neutres a d’abord permis d’établir une étude génétique des populations d’invertébrés marins : parmi ceux-ci, le crustacé Tigriopus brevicornis, la Palourde Ruditapes decussatus, l’annélide Nereis diversicolor, l’Ormeau Européen Haliotis tuberculata, les vers constructeurs de récifs Phragmatopoma caudata (Brésil), la crevette Penaeide Litopenaeus vannamei, les crevettes symbiotiques des coraux Alpheus lottini.
Parallèlement, il s’agissait de voir si les facteurs du milieu (nutriments, température, salinité....) intervenaient à différents niveaux de l’organisme - activité des enzymes - taux de leur expression - régulations hormonales - et ceci à différentes phases de leurs cycles biologiques. Les problèmes d’adaptation fonctionnelle ont été focalisés sur les adaptations nutritionnelles et les adaptations à la salinité.
Ainsi, chez l'huître creuse Crassostrea gigas, les fréquences des différents allèles de l’amylase et de l’hexokinase varient selon la localisation géographique. Des relations entre les variations de forme allélique, les performances d'assimilation et de croissance et la survie des animaux ont été établies par la suite. Chez la crevette Litopenaeus vannamei, le rôle de la GDH au cours de l’adaptation à 2 salinités et 2 conditions trophiques différentes a été déterminé.
2017 Genetic connectivity of Phragmatopoma caudata (Polychaeta: Sabellariidae) along the Brazilian coast through analyses of mtDNA: F Nunes, A Van Wormhoudt, L Faroni-Peres, J Fournier J of Biogeography; 44 (7) 1612-25.
2015 A Seasonal and cyclical changes in genetic composition of a marine intertidal rock pool copepod Tigriopus brevicornis A Van Wormhoudt Biochem. Genetics; 53, 79-92.
2012 Two different and functional nuclear rDNA genes in the abalone Haliotis tuberculata: tissue differential expression. A Van Wormhoudt, B Gaume, Y Le Bras, V Roussel, S Huchette Genetica; 139 (10): 1217-27.
2010 Mitochondrial DNA Introgression in the European abalone Haliotis tuberculata: evidence for experimental mtDNA paternal inheritance and a natural hybrid sequence. A Van Wormhoudt, V Roussel, G Courtois de Viçose, S Huchette Marine Biotechnology; 13 (3): 563-74.
2008 Association among growth, food consumption related traits and amylase gene polymorphism in the Pacific oyster Crassostrea gigas A Huvet, F Jeffroy, C Fabioux, JY Daniel, V Quillien, A Van Wormhoudt, J Moal, JF Samain, P Boudry, S Pouvreau Animal Genetics; 39 (6): 662-65
2005 Factorial effects of salinity, dietary carbohydrate and moult cycle on digestive carbohydrases and hexokinases in Litopenaeus vannamei (Boone, 1931) G Gaxiola, G Cuzon, T García, G Taboada, R Brito, M Chimal, A Paredes, L Soto, C Rosas, A Van Wormhoudt Comparative Biochemistry and Physiology - Part A; 140 (1): 29-39.
2002 An energetic and conceptual model of the physiological role of dietary carbohydrates and salinity on Litopenaeus vannamei juveniles Carlos Rosas, G Cuzon, G Gaxiola, C Pascual, G Taboada, L Arena, A Van Wormhoudt Journal of Experimental Marine Biology and Ecology; 268 (1) : 47-67.
1992 Molecular cloning of a cDNA that encodes a serine protease with chymotryptic and collagenolytic activities in the hepatopancreas of the shrimp Penaeus vanameii (Crustacea, Decapoda). D Sellos, A Van Wormhoudt FEBS Letters; 309 (3): 219-24.
1980 Adaptation de la teneur en enzymes digestives de l'hepatopancreas de Palaemon serratus (Crustacea, Decapoda), a la composition d'aliments experimentaux. A Van Wormhoudt, HJ Ceccaldi, BJ Martin Aquaculture; 21(1): 63-78.
2008 Huvet A, Royer J, Moal, Burgeot, Lapegue S, Boulo V, Nicolas JL, Lambert C, Van Wormhoudt A, Samain JF: Phenotypic characteristics of “R” and “S” oyster lines, selected for resistance or susceptibility to summer mortality. In “Summer mortalities of Pacific Oyster Crassostrea gigas” JF Samain, H Mc Combie eds, Quae ed. 197-241
1990 Van Wormhoudt A, C. Bellon. "Digestion et reproduction chez les crustacés décapodes" dans Bases Biologiques de l'Aquaculture. G.Barnabé ed: Lavoisier, 213-270.
1986 Van Wormhoudt A. Régulation hormonale de l'activité digestive de l'hépatopancréas des Crustacés. CNERNA-CNRS. « La nutrition des crustacés et des insectes ».