Émile Amélineau étudie l’égyptologie et le copte avec Gaston Maspero et Eugène Grébaut et obtient un doctorat ès lettres en 1887.
De 1887 à 1914, Émile Amélineau a été maître de conférences, directeur adjoint puis directeur d’études à l’EPHE, Section des Sciences Religieuses : « Histoire des religions de l’Égypte ».
Émile Amélineau a été ordonné prêtre dans le diocèse de Rennes et quitta les ordres en 1887. Par ailleurs, il a été membre de la Mission archéologique française au Caire de 1882 à 1886.
Émile Amélineau a participé à des fouilles à Abydos et a étudié les tombes royales des premières dynasties en 1894-1898. Il a été le collaborateur attitré de la Revue de l’Histoire des Religions.
Émile Amélineau a été l’un des premiers membres de la Mission archéologique française au Caire qui prendra ensuite le nom de l’Institut français d’archéologie orientale (IFAO). Il s’est illustré notamment par ses fouilles à Abydos où il mit au jour les premières tombes royales connues, ou cénotaphes – la question a été une des grandes controverses de l’égyptologie –mais ses méthodes de fouilles ont été critiquées par ses contemporains, en particulier G. Maspero et W.Fl. Petrie.
Son Essai sur l évolution historique et philosophique des idées morales dans l’Égypte ancienne, un des plus anciens volumes de la BEHE SR est aujourd’hui obsolète, mais révèle de quelle manière on abordait à la fin du xixe siècle, non seulement la religion égyptienne, mais l’ensemble de cette civilisation, en fonction des idées sur les progrès du genre humain passant d’un primitivisme sauvage des débuts de l’histoire à une culture plus policée au fil des siècle.
- Hérodote et les bouches du Nil, Angers, 1892.
- « Le christianisme chez les anciens Coptes », Revue de l’Histoire des Religions 14, 1886, p. 308-345, et 15, 1887, p. 52-87.
- La morale égyptienne quinze siècles avant notre ère : étude sur le papyrus Boulaq n°4, BEHE Sciences religieuses 4, Paris, 1892.
- La géographie de l’Égypte à l’époque copte, Paris, 1893 ; réimpression, Osnabrück, 1973.
- Les idées sur dieu dans l’ancienne Égypte (Ligue contre l’athéisme ; conférences, 6), Paris, 1893.
- Essai sur l’évolution historique et philosophique des idées morales dans l’Égypte ancienne, BEHE Sciences religieuses 6, Paris, 1895.
- Les nouvelles fouilles d’Abydos, 3 vol., Angers, 1896-1898.
- Le tombeau d’Osiris : monographie de la découverte faite en 1897-1898 / Mission Amélineau, Paris, 1899.
- Prolégomènes à l’étude de la religion égyptienne : essai sur la mythologie de l’Égypte, BEHE Sciences religieuses 21 et 30, Paris, 1907-1916.
École pratique des hautes études, Section des sciences religieuses. Annuaire 1915-1916. 1914. p. 91-102.