Son père, qui était ouvrier, est mort à la guerre en 1915. Sa mère était épicière.
Il a été marié.
Il a fait ses études secondaires au lycée de Saint-Etienne, puis a eu une formation ecclésiastique à l’Institut sulpicien de Lyon. Il a reçu l’enseignement en paléographie et ecdotique du chanoine Léon Vaganay et de maîtres de critique biblique. Il devient Prêtre de Saint-Sulpice. A Paris, il a suivi les conférences d’Alphonse Dain à l’EPHE (SHP), qui dirige son Diplôme de l’EPHE (Hippolyte, Contre les hérésies, Fragment), et d’Henri-Charles Puech (SR). Il a soutenu sa thèse de l’Institut Catholique (Hippolyte et Josipe, publiée en 1947).
Il a été directeur d'études à l'EPHE de 1963 à 1982.
En 1946, il entre au CNRS comme chargé de recherche, sous le parrainage d’Henri-Charles Puech. Il édite des homélies sur la Pâque. Le CNRS l'envoie en mission au Caire pour examiner et déchiffrer les papyrus découverts à Toura en 1941 et pour collaborer à l’édition de textes d’Origène et de Didyme d’Alexandrie présents dans ces feuillets.
Il a dirigé la collection "Christianisme antique" aux éditions Beauchesne.
Édition de textes chrétiens, grecs et latins, histoire des textes et des relations entre les écrits, selon une méthode marquée par la Quellenforschung. Étude critique de la documentation ancienne sur les personnes ou les courants jugés hérétiques dans l’Antiquité (notamment Basilide, Paul de Samosate, Arius). Recherches sur la littérature hérésiologique (Hippolyte, Pseudo-Tertullien, Philastre de Brescia, Épiphane de Salamine). Critique d’authenticité et identification des auteurs d’ouvrages dont la paternité est contestée ou incertaine. Cas emblématique : P. Nautin a voulu restituer à un certain Josipe, antipape, l’Elenchos (Réfutation de toutes les hérésies) découvert au XIXe siècle, à distinguer de l’évêque oriental Hippolyte, auteur de traités exégétiques et liturgiques et d’un Traité contre toutes les hérésies, traité perdu qu’il a pu reconstituer. Étude des relations entre les communautés chrétiennes à travers les échanges de lettres. Édition et traduction d’œuvres d’Origène et recherches sur sa vie (dossier profondément renouvelé) ; édition et traduction du Commentaire sur la Genèse de Didyme (avec nouvelle mission au Musée du Caire, en 1973). Rapports entre pratique liturgique et pénitentielle et doctrine. Recherches sur les œuvres et la biographie de Jérôme.
Au soir de sa vie, P. Nautin avait entrepris une enquête pour tenter de retrouver la forme primitive de l’Évangile. Le travail était achevé aux trois quarts ; publication posthume, en 1998, par les soins de son entourage à partir de ses notes pour le dernier chapitre.
Articles :
- « L’histoire des dogmes » : “Problèmes et méthodes d’histoire des religions”, EPHE SR, 1963, p. 177-191.
- « La conversion du temple de Philae en église chrétienne », Cahiers Archéologiques 17 (1967), p. 1-43.
- « Irénée et la canonicité des épîtres pauliniennes », RHR 182 (1972), p. 113-130.
- « L’Opus imperfectum in Matthaeum et les Ariens de Constantinople », RHE 68 (1972), p. 381-408 ; 745-766.
- « Études de chronologie hiéronymienne », REAug 18 (1972), p. 209-218 ; 19 (1973), p. 69-86 ; 213-239 ; 20 (1974), p. 251-284.
- « Les fragments de Basilide sur la souffrance et leur interprétation par Clément d’Alexandrie et Origène », Mélanges d’histoire des religions offerts à Henri-Charles Puech, Paris, 1974, p. 393-403.
- « La fin des Stromates et les Hypotyposes de Clément d’Alexandrie », VC 30 (1976), p . 268-302.
- « Le rite du fermentum dans les églises urbaines de Rome », EL 96 (1982), p. 510-522.
- « La continuation de l’Histoire ecclésiastique d’Eusèbe par Gélase de Césarée », Revue des Études Byzantines 50 (1992), p. 163-183.
- Articles dans le Dictionnaire d’Histoire et de Géographie Ecclésiastique : Épiphane, Félix, Firmilien, Gélase
Livres :
- Je crois à l’Esprit-saint dans la sainte Église pour la résurrection de la chair. Étude sur l’histoire et la théologie du symbole, Unam sanctam 17, Paris, Éditions du Cerf, 1947.
- Hippolyte et Josipe. Contribution à l’histoire de la littérature chrétienne du IIIe siècle, Paris, Éditions du Cerf, 1947.
- Le dossier d’Hippolyte et de Méliton dans les florilèges dogmatiques et chez les historiens modernes, Paris, Éditions du Cerf, 1953.
- Lettres et écrivains chrétiens des IIe et IIIe siècles. Paris, Éditions du Cerf, 1961.
- Origène. Sa vie et son œuvre, Paris, Beauchesne, 1977.
- L’Évangile retrouvé. Jésus et l’évangile primitif, avec avant-propos de Gilles Dorival, Paris, Beauchesne, 1998.
Editions de textes :
- Hippolyte, Contre les hérésies (fragment). Étude et édition critique, Paris, Éditions du Cerf, 1949.
- Une homélie inspirée du traité sur la Pâque d’Hippolyte, étude, édition et traduction, Sources chrétiennes 27, 1950.
- Trois homélies dans la tradition d’Origène, étude, édition et traduction, Sources chrétiennes 36, 1953.
- Origenes Werke III. Homiliae in Ieremian, Fragmenta in Lamentationes (1 Aufl. 1901, Erich Klostermann ; 2. Aufl. 1983, Pierre Nautin).
- Didyme l’Aveugle, Sur la Genèse, texte inédit d’après un papyrus de Toura, édition, introduction et notes par P. Nautin, avec la collaboration de Louis Doutreleau, sj , Sources chrétiennes 233 et 244, 1976, 1978.
- Origène, Homélies sur Samuel, introduction, traduction et notes par Pierre et Marie-Thérèse Nautin, Sources chrétiennes 328, 1986.
Il a soutenu ses amis prêtres-ouvriers insoumis (qui refusèrent l'ultimatum du Vatican en 1954).
Ses conclusions concernant Hippolyte ont suscité une longue controverse, avant que ne soit tenue pour acquise la distinction entre l’auteur de l’Elenchos et l’évêque oriental Hippolyte. Parmi les nombreux échos dans les publications savantes, on retiendra l’article de Pierre Nautin lui-même, « La controverse sur l’auteur de l’Elenchos », RHE 47 (1952), p. 5-43, la note de Marcel Richard sur la bibliographie du débat, dans la Patrologia Orientalis XXVII, 1954, p. 271, et la présentation de Guillaume Ducœur, Brahmanisme et encratisme à Rome au IIIe siècle ap. J.-C., étude de l’Elenchos I. 24.1-7 et VIII. 20. 1-3, Paris, 2001, p. 31-35.
Monique Alexandre a présenté l’apport de P. Nautin aux études sur Origène dans son article « La redécouverte d’Origène au XXe siècle », dans C. Badilita et Ch. Kannengiesser (éd.), Les Pères de l’Église dans le monde d’aujourd’hui, Paris, Beauchesne, 2006, p. 83-85.
Le 21 Mars 1997 ses amis Prêtres-Ouvriers ont organisé une Rencontre en souvenir de Pierre Nautin, qui a été imprimée. On y trouve des témoignages d’universitaires : Monique Alexandre (p. 6-12), Gilles Dorival (p. 12-16), Alain Le Boulluec (p. 16-21), Geneviève Husson (p. 21-22), et une bibliographie de Pierre Nautin établie par Monique Alexandre (p. 31-40).
Notice Pierre Nautin par Gilbert Dagron, Revue des Études Grecques 110 (1997), p. XXVIII-XXIX.
Notice Pierre Nautin par Alain Le Boulluec, Annuaire EPHE, Section des sciences religieuses, t. 105 (1996-1997), p. 17-20.M