Eugène Aubel est d'origine modeste. Son père, Jean Isotèle Aubel, est sous-brigadier d'octroi. Il est garde national en 1870 puis communard, ce qui lui vaut d'être déporté à Brest pendant un an avant d'être libéré. Sa mère, Eugénie Watripont, est couturière à domicile. Son grand-père maternel, artisan ébéniste, a un casier judiciaire à cause de sa participation aux actions hostiles au coup d’État de 1851.
Eugène Aubel se marie le 22 mars 1910 avec Blanche, Gabrielle Fechy, ouvrière. Leur fille, Geneviève, est docteur en pharmacie, chercheur au CNRS, et se marie avec Charles Sadron.
- Licence en sciences naturelles à la Sorbonne : certificats de Zoologie, Botanique, Géologie, Physiologie Générale et Chimie biologique.
- Obtient un poste d'ingénieur chimiste au laboratoire d’Hygiène de la ville de Paris (1912-1919) où il doit en particulier isoler les bactéries des eaux d'égouts. Il remarque des colonies bleues, bactérie sur laquelle il travaillera pour sa thèse, sous la direction du professeur Molliard.
- Réformé, il passe les années de guerre au laboratoire de la Ville de Paris où il travaille aussi pour la défense nationale.
- Après la guerre de 1914-1918, l'université de Strasbourg est réorganisée. Eugène Aubel obtient un poste de préparateur-chef de laboratoire à la Faculté de Médecine de Strasbourg (1919-1922), chez le professeur Léon Blum. C'est à Strasbourg, en 1920, qu'il fait la connaissance de René Wurmser (biophysicien), un des fondateurs de l’Institut de Biologie Physico-Chimique (IBPC).
- Docteur ès sciences en 1922. Sa thèse s'intitule « Etudes biochimiques sur la nutrition du bacille pyocyanique ».
- En 1923, sans espoir d'avenir à la Faculté de Médecine car il n'est pas médecin, il rentre à Paris et y reprend ses activités d'ingénieur à paris. Il continue ses activités de recherche au Muséum d'histoire naturelle et au Collège de France, où René Wurmser a un laboratoire des Hautes Études.
- 1933-1954 : Directeur du laboratoire de Biochimie des fermentations de l'EPHE localisé à l'Institut de Biochimie physico-chimique (IBPC). Yvonne Khouvine lui succède à la tête de ce laboratoire en 1955.
- Maître de conférences (1924) puis professeur sans chaire (mars 1927) de Chimie physiologique à la Faculté des Sciences de Bordeaux.
- Chargé de service de Biochimie à l'IBPC (1928)
- Maître de conférences de Chimie biologique à la Faculté des Sciences de Paris en 1935, puis professeur sans chaire en 1937,
- Professeur titulaire de la chaire de Chimie biologique et de biochimie des fermentations en novembre 1946.
Eugène Aubel est un Biochimiste. Il s'intéresse particulièrement aux échanges de matière et d'énergie qui président à l'évolution de la matière vivante, à sa dégradation et à sa synthèse.
Les Fermentations, Paris : PUF, Que sais-je ?, 1952 (réédité en 1960 et en 1967).
Eugène Aubel est un militant actif dans le secteur des intellectuels communistes, en particulier à l’IBPC.
En 1933, il adhère au Syndicat de l’Enseignement supérieur. En 1945, il adhère au Parti communiste français (PCF). Il reste membre du PCF jusqu'à sa mort.
Délégué au Congrès des intellectuels pour la paix et la liberté de circulation des inventions et découvertes à Wroclaw (août 1948), il milite aux Combattants de la paix et de la liberté dès 1948, puis au Mouvement de la Paix. Il est membre de la Commission nationale permanente du Mouvement de la Paix (décembre 1951) et du Conseil national du Mouvement de la Paix (avril 1955).
Membre de la section communiste du Ve arrondissement de Paris, il est candidat aux élections municipales de 1959.
- Notice nécrologique, par Marianne Grunberg-Manago et René Wurmser, dans Regard sur la biochimie, n° 1-1977, p. 2-5.
- Eugène Aubel, « La trajectoire complexe de mon existence », Cahiers de l’Institut Maurice Thorez, n° 25-1972, p. 86-92.
- http://maitron-en-ligne.univ-paris1.fr/spip.php?article10341, notice « AUBEL Eugène, Ferdinand » par Michel Pinault, version mise en ligne le 10 octobre 2008, dernière modification le 6 janvier 2018.