1948: Diplôme de persan (INALCO)
1951-1955: Pensionnaire scientifique à l'Institut français de recherche en Iran
- Directeur du Centre d'études islamiques et orientales d'Histoire comparée (1969-1986)
- Directeur de la revue Mare Luso-indicum, fondée en 1971
- Directeur de la revue Le monde iranien et l'Islam, fondée en 1971
- Directeur Moyen-Orient et Océan Indien, XVIe-XIXe siècles
- Directeur du Centre d'études islamiques et orientales d'Histoire comparée (1969-1986)
- Directeur du Centre d'études sur le Portugal de la Renaissancen créé en 1975, devenu en 1992 Centre de recherches sur le Portugal des découvertes et de la Renaissance.
- 1956 : recruté au CNRS
- 1986-1992: Directeur d'études à l'EHESS (Histoire du Portugal de la Renaissance et son expansion en Asie)
- Fondateur et directeur du Centre d'études portugaises de l'EHESS
- Président de la Société française d'Histoire du Portugal
- Membre du Conseil de la Société Asiatique
- Président de la Société d'Histoire de l'Orient, fondée en 1975
- Président de la Société française d'Histoire du Portugal
- Membre associé de l'Académie portugaise d'Histoire
- Correspondant étranger de l'Académie des Sciences de Lisbonne
Spécialiste reconnu de l'Iran pré-moderne, Jean Aubin écrivait en 1971 : « Au carrefour du monde méditerranéen, de la Haute Asie et du monde indien, l’Iran est une région privilégiée de l’expérience historique […] qui manifeste sous des dominations étrangères, une étonnante puissance d’assimilation ». Ses travaux sur les bouleversements engendrés par la domination des Mongols, peuple nomade non musulman, sur un vieux pays sédentaire, sur l'acculturation des élites turko-mongoles, sur les migrations et les réseaux caravaniers ont fait date et ont connu une large diffusion. JA a séjourné plusieurs années en Iran à parcourir villes et villages, ce qui lui a permit d'acquérir une connaissance profonde du pays. Il est capable de nous promener dans les villes dont il nous fait connaître les murs, les édifices, les habitants, tout un petit monde d'artisans, de paysans et de propriétaires terriens. JA fut également l'un des premiers spécialistes de l'Iran à s'intéresser aux ressources de la littérature hagiographique dans laquelle, dit-il, on trouve des notions sur la vie sociale prises d’un point de vue qui n’est pas celui des chroniqueurs officiels, et des indications révélatrices sur le climat psychologique. En effet, grandes époques de littérature édifiante les périodes mongole et timouride offre des ressources vives à l’historien des société iraniennes. JA nous fait part dans son ouvrage sur les sayyids de Bam (1956) et son article un santon quhistānī (1967) de ses réflexions sur l’aspect psychologique de la situation dont il aura brossé le cadre historique. Avec JA, l'histoire retrouve sa dimension humaine. La variété de son style donne de la vie même dans ses articles de géographie historique, domaine dont il fut un maître toujours cité de nos jours. La période safavide a également suscité l’intérêt de JA qui leur a consacré des articles, là encore pionniers à une époque où ce champ de recherche n’était pas développé comme il l’est aujourd’hui. Les recherches de JA dépassent largement l'Iran au sens strict du terme puisque son intérêt pour le royaume d'Ormuz à l'époque safavide l'a conduit à devenir l'un des chercheurs éminents sur le Portugal de la Renaissance et son expansion en Asie. Il avait constaté que la documentation portugaise permettait d’éclaircir des détails que les sources persanes laissaient dans l’ombre. JA fut un historien rigoureux. Il considérait qu'il était impossible de rédiger une synthèse historique sans avoir au préalable reconstitué les faits en collationnant avec patience les chroniques les unes avec les autres et en croisant des témoignages d’origines et de langues très diverses. S'il trouvait un détail dans une source nouvelle qui remettait en question ce qu'il avait pu écrire, il était capable d'effacer et de réécrire de nouveau pour que ses hypothèses reposent sur des bases documentaires solides.
- Deux sayyids de Bam au XVe siècle. Contribution à l'Iran timouride, Wiesbaden, 1956, 129 p.
- Matériaux pour la biographie de Shāh Ni‘matullāh Walī Kermānī, Téhéran-Paris, 1956, 20+343 p.
- Extraits du Muntakhab al-Tavarikh-i Mu‘ini (Anonyme d'Iskandar), Téhéran, 1957, 492 p.
- Émirs mongols et vizirs persans dans les remous de l'acculturation, Paris, 96 p.
- Le latin et l'astrolabe. Recherches sur le Portugal de la Renaissance, son expansion en Asie et les relations internationbales (recueils d'articles), Lisbonne-Paris, 1996, 448 p.
- "Les princes d'Ormuz du XIIIe au XVe siècle", Journal Asiatique, 1953, p. 77-138.
- "Šāh Ismā‘īl et les notables de l'Iraq persan", Journal of the Economic and Social History of the Orient, II/1, 1959, p. 378-81.
- "Un santon quhistānī dfe l'époque timouride", Revue des Études islamiques, 35, 1967, p. 185-216.
- "La survie de Shīlāu et la route de Khunj-ō-Fāl", Iran, 7, 1969, p. 21-37.
- "L’ethnogenèse des Qaraunas", Turcica, 1, 1969, p. 65-94.
- "Réseau pastoral et réseau caravanier : les grand’routes du Khorassan à l’époque mongole", Le monde iranien et l’Islam, 1, 1971, p. 105-130.
- "La propriété foncière en Azerbaïdjan sous les Mongols", Le Monde iranien et l’Islam, 4, 1976-1977, p. 79-154.
- "Le khanat de Čagataï et le Khorassan, 1334-1380", Turcica, 8, 1976, p. 16-60.
- "La fin de l’état Sarbadâr du Khorassan", Journal Asiatique, 1974, p. 95-118.
- "Aux origines d’un mouvement populaire médiéval. Le cheykhisme du Bayhaq et du Nichâpour", Studia Iranica, 5/2, 1976, p. 213-224.
- "Le témoignage d’Ebn-e Bazzāz sur la turquisation de l’Azerbaydjan", dans Études irano-aryennes offertes à Gilbert Lazard, Paris, 1989, p. 5-17.
- "Shaykh Ibrâhim Zâhid Gilâni (1218?-1301), Turcica, 21-23, 1991, p. 39-53.
- "Le quriltai de Sulṭān-Maydān (1336)", Journal Asiatique, 1991, p. 175-197.
- "De Kûhbanân à Bidar: la famille Ni‘matullahi", Studia Iranica, 20/2, 1991, p. 233-261.
Aquém e Além da Taprobana. Estudos Luso-Orientais à memória de Jean Aubin e Denys Lombard, éd. Luìs Filipe. Thomas, Lisbonne, 2002.