Alexandre Moret obtient l'agrégation d'histoire et de géographie en 1893. Il étudie à la IVe section de l'EPHE de 1894 à 1897 et soutient un doctorat de lettres en 1903.
Il a été chargé de conférences à l'EPHE de 1899 à 1918. En 1905, il a été directeur d'études d'archéologie et d'antiquité égyptiennes, IVe section. Par la suite, il devient directeur d'études des Religions de l'Égypte à l'EPHE, Ve section. En 1935, il devient président de cette section.
En 1921, Alexandre Moret devient chargé de cours à la Sorbonne. De 1923 à 1938, il enseigne l'égyptologie au Collège de France.
En 1906, Alexandre Moret est nommé conservateur adjoint, puis conservateur du musée Guimet à Paris. Il est également membre de la Société française d'Égyptologie de Paris et de l'Institut d'Égypte du Caire, membre de l'Académie brésilienne des Sciences de Rio de Janeiro.
Contrairement à d’autres égyptologues français, A. Moret n’a pas eu la possibilité de séjourner en Égypte comme membre scientifique de l’IFAO. Il a cependant fait de nombreux séjours d’études dans ce pays ; il a eu en particulier la charge de préparer un volume du Catalogue général du musée du Caire : Sarcophages de l’époque Bubastite à l’époque Saïte, 2 vol., Le Caire, 1912, et de travailler dans le temple de Louqsor peu de temps avant sa mort.
Reconnu comme un brillant professeur, il a laissé également des œuvres qui ont fait date auprès d’un public cultivé, mais aussi dans la communauté égyptologique. L’editio princeps du papyrus Berlin 3055 lui a permis de rédiger une étude qui fera date, Le rituel du culte divin journalier en Égypte.
- "L'appel au roi en Egypte, au temps des Pharaons et des Ptolémées", Actes du Xe Congrès international des Orientalistes, 1895.
- "La condition des féaux en Egypte dans la famille, dans la société, dans la vie d'outre-tombe", Recueil des Travaux relatifs à la philologie et à l'archéologie égyptiennes et assyriennes, 1897.
- "Un procès de famille sous la XIXe dynastie", Zeitschrift für ägyptische Sprache und Altertumskunde, 1901.
- Du caractère religieux de la royauté pharaonique (thèse principale), 1902.
- Le rituel du culte divin journalier en Egypte (thèse complémentaire), 1902.
- "Donations et fondations en droit égyptien" (en collaboration avec L. Boulard) Recueil des Travaux relatifs à la philologie et à l'archéologie égyptiennes et assyriennes, 1907.
- "La magie dans l'Egypte ancienne", Bibliothèque de vulgarisation du musée Guimet), 1907.
- Etudes sur le calendrier égyptien (traduction), 1907.
- L'immortalité de l'âme et la sanction morale dans l'Égypte ancienne (ibid.), 1908.
- Catalogue du musée Guimet. Galerie égyptienne, stèles, bas-reliefs, monuments divers, 1909.
- "Chartres d'immunité dans l'ancien empire égyptien", Journal asiatique, 1912.
- Sarcophages de l'époque bubastite à l'époque saïte, 1912-1913.
- "Mystères égyptiens", Bibliothèqe de vulgarisation du musée Guimet, 1913.
- "Fragments du mastaba de Shery, prêtre des rois Péribsen et Send", Monuments et Mémoires de la Fondation E. Piot, 1922.
- Des clans aux empires. L'organisation sociale chez les primitifs et dans l'Orient ancien (en collaboration avec G. Davy), 1923.
- Orient et Grèce (en collaboration avec P. Cloché), 1925.
- Le Nil et la civilisation égyptienne, 1926.
- La mise à mort du dieu en Egypte, 1927.
- L'Égypte pharaonique, 1938.
- École pratique des hautes études, Section des sciences religieuses. Annuaire 1938-1939. 1937. p. 39-42.
- "La religion égyptienne dans l'œuvre d'Alexandre Moret", par J. Pirenne, Annuaire de l'Institut de Philologie et d'Histoire orientale, 1937.
- "Alexandre Moret (1868-1938)", par P. Jouguet, Bulletin de l'Institut français d'Archéologie orientale 37, 1937-1938, p. 273-277.
- "Eloge funèbre de M. Alexandre Moret" par C. Petit-Dutaillis, CRAI, 1938, p. 48-58.
- "Alexandre Moret", par P. Jouguet, Bulletin de l'Institut d'Egypte 20, 1938, p. 155-161.
- Notice sur les travaux d'A. Moret sur la religion égyptienne, par R. Dussaud, Revue de l'Histoire des Religions 117, 1938, p. 137-151.
- "Alexandre Moret. Historien du droit et des institutions", par K. Pirenne, Archives du Droit oriental, 1938.
- "Alexandre Moret", par J. Vandier, Archiv für ägyptische Archäologie, 1938, p. 75-76.
- "Notice sur la vie et les travaux de M. Alexandre Moret", par R. Dussaud, CRAI, 1940, p. 454-466.
- Les Professeurs du Collège de France. Dictionnaire biographique 1901-1939, par C. Charle et E. Telkès, 1988, p. 186-187.
- "Alexandre Moret" dans Who was who in Egyptology, 1995, p. 295-296.