Collège public de Vitry-le-François (1869-1870) et collège épiscopal de Saint-Dizier (1872-74)
Grand séminaire de Châlons-sur-Marne (1874 -1879)
À partir de 1881, Loisy assiste à aux leçons de Renan au Collège de France ; à la IVe section EPHE, il suit les séminaires d’Égyptologie (1882-1884), d’Éthiopien (1885), et surtout d’Assyriologie (1882-1886).
Cours libre à la section des Sciences religieuses de 1900 à 1904.
Directeur d’études, 1924-1927. Alfred Loisy, professeur au Collège de France, est élu, après le décès de Maurice Vernes, à la direction de la conférence sur les Religions d'Israël et des Sémites occidentaux.
Professeur à l’Institut catholique de Paris (1881-1893) comme enseignant d’hébreu depuis 1881 (titulaire depuis 1882) ; d’exégèse biblique à partir de 1884 et d’assyriologie à partir de 1886.
Professeur au Collège de France, de 1909 à 1932. Jean Baruzi assure sa suppléance de 1926 à 1930.
Desservant de deux paroisses rurales du diocèse de Châlons-sur-Marne (1879-1881) ; aumônier du pensionnat de jeunes filles des Dominicaines de Neuilly (1894 à 1899).
1 - Les Annales de Sargon d'Assyrie, 1886, Mémoire pour le diplôme de la IVe Section préparé sous la direction d’Arthur Amiaud [manuscrit non édité car sa publication, selon Loisy dans ses Mémoires, ne put aboutir en raison des frais considérables entraînés par l'impression des cunéiformes ; diplôme absent de la bibliothèque de l’EPHE].
2- CR des cours libre de M. Loisy Annuaire Ve section, 1901-1902, conférence 1900-1901, p. 52-53 ; 1902-1903, cr conférence 1901-1902, p. 46-47 ; 1903-1904, cr conférence1902-1903, p. 117-118 ; 1904-1905, cr conférence 1903-1904, p. 80-81 (liste précieuse des auditeurs assidus)
- Les Mythes babyloniens et les premiers chapitres de la Genèse. Paris, Picard, 1901, grand in-8°, XIV- 213 p.
- Études évangéliques, Paris, Picard, 1903, in-8°, XIV-333 p. [La première étude, inédite, a pour objet le cours de Loisy pour l'année 1901-1902, sur les paraboles].
- Les Évangiles synoptiques, Traduction et commentaire, 2 T. Ceffonds, l'auteur, 1907 et 1908, 1014 et 818 p.
3) Annuaire, année 1924, vol. 38 article liminaire, « le Livre de Daniel » (p. 3-22), cr séminaire p. 36 ; Annuaire 1925, p. 35-36 ; Annuaire 1926, p. 39-40. Voir aussi, Annuaire 1927, p. 27- 28, éloge de M. Loisy par Sylvain Lévi et annonce de la nomination de son successeur, Maurice Goguel, qui rédigera une brève nécrologie d’Alfred Loisy (Annuaire 1940-1941, p. 37-38).
- Émile Poulat, Histoire, dogme, critique dans la crise moderniste, Albin Michel, 3e ed. 1996, 739 p. avec une bibliographie mise à jour [Thèse d’État, 1962, ouvrage de référence]
- Pierre Colin, L'audace et le soupçon. La crise du modernisme dans le catholicisme
français (1893-1914), Paris, DDB, 1997, LXXXIX-523 p.
- Émile Goichot, Alfred Loisy et ses amis, Cerf 2002, 197 p.
- François Laplanche, Ilaria Biagioli, Claude Langlois (dir.), Autour d’un petit livre. Alfred Loisy cent ans après, Brepols, 2007, 351 p. Bibliothèque de l’École des Hautes études. Sciences religieuses n° 131. Série « Histoire et prosopographie » n° 4.
- Arnold Claus, Losito Giacomo (ed.), La censure d'Alfred Loisy (1903). Les documents des Congrégations de l'Index et du Saint Office. Rome : Libreria Editrice Vaticana, 2009. 451p. (Collection : Fontes Archivi Sancti Officii Romani 4)
- François Laplanche (éd.) Alfred Loisy. La crise de la foi dans le temps présent. (Essais d’histoire et de philosophie religieuses), 2010, Brepols, 735 p. Texte inédit de Loisy suivi des études de Rosanna Ciapa, François Laplanche et Christoph Theobal, Avant-propos de Claude Langlois. Bibliothèque de l’École des Hautes études. Sciences religieuses, N° 144.
- Claus Arnold, Giacomo Losito (ed.), Lamentabili sane exitu 1907. Les documents préparatoires du Saint office, Libreria Editrice Vaticana, Roma 2011, 545 p.