Baccalauréat "Philosophie", Lycée de Mulhouse, Haut-Rhin (1963) ;
"Graduation" Robert E. Lee High School, Tyler, Texas, Etats-Unis (1964) ;
Baccalauréat en Théologie protestante, Université de Strasbourg (1966) ;
Faculté de Théologie de l'Université de Lausanne (1967, Pierre Bonnard) ;
Maîtrise en Théologie Protestante, Université de Strasbourg (1969, Etienne Trocmé) ;
The Queen's College, Université d'Oxford, Grande-Bretagne (1971-1974, George. D. Kilpatrick, John W.B. Barns, Geza Vermès, Peter J. Parsons) ;
Doctorat es-Sciences religieuses (1977, Etienne Trocmé) ;
Oxford D. Phil. (1978, George D. Kilpatrick) ;
Diplôme de syriaque (1981, ELCOA, Charles Perrot), et de copte (1982, ELCOA, Gérard Roquet) ;
EPHE (Ve section,1970-1971, Pierre Geoltrain; 1974ss. Antoine Guillaumont, Michel Tardieu, René-Georges Coquin, Alain Le Boulluec ; IVe section, Gérard Roquet, Pierre Lecoq).
Direction du DEA "Sciences des religions" (1994-2000)
Direction de l'Ecole doctorale EPHE "Sciences des religions et systèmes de pensée" (2000-2003)
Membre du CANAL (dir. P. Geoltrain, 1971-1983), puis du CERL devenu LEM, UMR 8584 (depuis 1978)
Responsable de l'équipe du LEM "Sources gnostiques et manichéennes" (1991-2008)
Directeur du projet ANR - "Corpus des énoncés des noms barbares", CENOB (2008-2014)
Responsable national du service des "Equipes de recherche biblique" (Fédération Protestante de France,1974-1980)
Maître de conférences "Histoire du christianisme ancien et patristique" (Institut Protestant de Théologie, Paris, 1980-1983), puis professeur (1983-1992)
Membre fondateur de l'Association pour l'Étude de la Littérature Apocryphe Chrétienne, AELAC (depuis 1971); membre du Comité de l'AELAC, responsable éditorial de la "Series apocryphorum, Corpus christianorum" (Turnhout, Brepols), puis Vice-président (1987-1993) et Président (1993-1996).
Membre du Comité de rédaction de la revue "Apocrypha", Turnhout, Brepols (depuis 1994) et Directeur de la revue (2000-2014).
Responsable de l'équipe de publication des "Actes de Pilate / Evangile de Nicodème"
pour la "Series apocryphorum"..
Membre du projet d'édition et traduction du "Contra Faustum" de Saint-Augustin, Bibliothèque augustinienne.
Membre de la "Studiorum Novi Testamenti Societas" (depuis 1979).
Membre de l'International Association for Coptic Studies (depuis 1980)
Membre du Comité scientifique de la revue Studi e materiali di storia delle Religioni, Rome - La Sapienza, Morcelliana (depuis 2010).
Membre de l'International Association for Manichaean Studies (depuis 2013).
Histoire des courants gnostiques du deuxième au IVe siècle de l'ère chrétienne, à partir de sources grecques, latines et coptes. C'est notamment grâce à la découverte des textes coptes de Nag Hammadi (en 1945) que la connaissance des groupes gnostiques antiques a été fondamentalement renouvelée. La recherche peut dorénavant faire parler les textes gnostiques eux-mêmes sans passer par le regard des Pères de l'Eglise dans leurs réfutations. Parmi les groupes gnostiques étudiés, les valentiniens occupent une place de choix à cause de la variété des sources accessibles, comme par ex. le "Traité Tripartite" du Codex I de Nag Hammadi. Pour mieux comprendre les notices des hérésiologues, les gnostiques basilidiens, il faut tenir compte des deux traités du Code VII de Nag Hammadi (le "Deuxième Traité du Grand Seth", et "l'Apocalypse de Pierre").
Les recherches sur l'histoire de la religion manichéenne ont bénéficié de découvertes de textes coptes (Medinet Madi, 1929-1930), et récemment des fouilles de l'oasis égyptienne de Dakhlah. Les publications de la Turfanforschung à Berlin alimentent régulièrement la compréhension de l'hymnologie manichéenne d'origine iranienne, tant du point de vue de son contenu que de sa fonction liturgique.
La découverte de textes apocryphes chrétiens, comme "l'Evangile du Sauveur" ou "l'Evangile de Judas", quand ils réapparaissent au grand jour, illustre elle aussi l'importance d'une étude critique des textes anciens.
Cinq parcours de recherche en sciences religieuses, Etudes réunies par J. -D. Dubois (B.E.H.E., Sciences religieuses 183), Turnhout, Brepols, 2019.
Les Apocryphes chrétiens, Paris, Librio, 2007.
Jésus apocryphe, Paris, Mame, 2011 (Jésus/Jésus-Christ, 99).
avec M. Tardieu, Introduction à la littérature gnostique, t. I, Collections retrouvées avant 1945, Paris : Cerf, 1986 (Initiations au christianisme ancien).
avec R. Kuntzmann, Nag Hammadi : Evangile selon Thomas, Textes gnostiques aux origines du christianisme, Paris : Cerf, 1987. (Supplément aux Cahiers Evangile, 58).
avec M. Lods et J.-N. Pérès (ed.), Protestantisme et tradition de l'Eglise, Paris : Cerf, 1988.
avec Th. Römer et A. de Pury, Lectio difficilior probabilior? Mélanges offerts à F. Smyth, Heidelberg, esprint,1991 (DBAT, Beiheft, 12).
avec B. Roussel, Entrer en matière, Les prologues, Paris : Cerf, 1998.
avec M.-A. Amir-Moezzi, C. et F. Jullien, Pensée grecque et sagesse d'Orient, Hommage à Michel Tardieu, Turnhout : Brepols, 2009 (BEHE, Sciences religieuses, 142).
avec N. Belayche, L'Oiseau et le poisson: cohabitations religieuses dans les mondes grec et romain, Paris : PUPS, 2011 (Religions dans l'Histoire).
"Les repas manichéens", in N. Belayche - S.C. Mimouni (ed.), Entre lignes de partage et territoires de passage, Les identités religieuses dans les mondes grec et romain, Paris - Louvain : Peeters, 2009, p. 105-118 (Collection de la Revue des Etudes juives, 47).
"La redécouverte des gnostiques antiques", in B. Pouderon - E. Norelli (éd.), Histoire de la littérature grecque chrétienne des origines à 451, t. II : De Paul de Tarse à Irénée de Lyon, Paris : Les Belles Lettres, 2016 (L'Âne d'or), p. 665-702.
"Etudes gnostiques 2004-2008 avec un appendice sur le Manichéisme en Egypte", in P. Buzy, A. Camplani et F. Contardi (ed.), Coptic Society, Literature and Religion from Late Antiquity to Modern Times, Leuven : Peeters, 2016 (Orientalia Lovaniensia Analecta, 247), vol. I, p. 99-129.
"Le docétisme des christologies gnostiques revisité", New Testament Studies, 63,2 (2017), p. 279-304.
Anna Van den Kerchove - Luciana G. Soares - Santoprete, Gnose et manichéisme, Entre les oasis d'Egypte et La Route de la Soie, Hommage à Jean-Daniel Dubois (Bibliothèque des Hautes Etudes, Sciences religieuses, Histoire et Prosopographie, 176), Turnhout, Brepols, 2017.
Bibliographie de J.-D. Dubois (1973-2015): cf. Gnose et manichéisme... Hommage à Jean-Daniel Dubois, 2017, p. 19-32.