Fils de Ludmila Lazareff et de Vladimir Feodorovitch Malinine (Moscou, 1873 – Meudon, 1943), un ingénieur qui occupait avant la révolution d’octobre 1917 d’éminentes fonctions dans la municipalité moscovite. Michel Malinine est élevé dans un milieu cultivé, lié aux mondes du théâtre et de la musique ; lui-même pianiste de grand talent, formé au conservatoire de Moscou, il envisage un temps d’embrasser la carrière musicale et conserve toute sa vie des activités auprès du Conservatoire russe-Serge Rachmaninov de Paris. Il est naturalisé français en 1939.
Marié à Tatiana Sergueïevna Kaminsky (1908-1983), chirurgienne-stomatologue.
En plus de sa formation au Conservatoire de musique, Michel Malinine s’inscrit, après le baccalauréat obtenu en 1918, à la Faculté historique et philologique de l’Université de Moscou. Toutefois, dès 1919, sa famille est contrainte de quitter la ville, puis la Russie, pour se réfugier un temps en Tchécoslovaquie où Michel Malinine peut reprendre des études à l’Université Charles de Prague, cette fois-ci en histoire des religions. En 1925, sa famille s’installe à Paris et, pour la troisième fois, Michel Malinine doit recommencer ses études. Attiré par l’égyptologie, il obtirnt en 1928 le diplôme de l’École du Louvre, puis une licence à la Sorbonne en 1930, tout en se formant à l’École nationale des langues orientales vivantes (Langues O’) et à l’Institut catholique de Paris, dont il est diplômé en langues égyptienne et copte. Parallèlement, il suit avec assiduité les enseignements de l’EPHE, en particulier ceux d’Alexandre Moret et d’Henri Sottas, mais la disparition prématurée de ce dernier, en 1927, le prive trop tôt d’un maître dans ce qui va pourtant devenir sa spécialité, le démotique. C’est donc essentiellement seul qu’il se forme à cette cursive difficile, dont il assure pourtant la renaissance et la pérennité en France. Michel Malinine est diplômé de la section des Sciences historiques et philologiques de l’EPHE en 1947 pour sa thèse Choix de textes juridiques en hiératique « anormal » et en démotique.
De 1937 à 1947, Michel Malinine occupe une charge de conférence temporaire à la section des Sciences religieuses, consacrée à La conception de l’Enfer et du Paradis dans les Apocryphes coptes (1937-1939) ; à la Magie en Égypte, d’après les textes démotiques et coptes (1939-1941) ; à l’Étude des textes de Chenoudi relatifs à la vie monastique (1941-1945) ; aux Institutions monastiques en Égypte, d’après les versions coptes de la Vie de saint Pakhôme (1945-1946) et à l’Étude des textes relatifs à l’organisation de la vie matérielle dans les monastères coptes (1946-1947). De 1948 à 1952, il assure un enseignement de démotique et de copte à la section des Sciences historiques et philologiques où il est finalement élu, le 6 janvier 1952, Directeur d’études pour le démotique et le copte, fonction qu’il occupe jusqu’à son départ à la retraite en 1970.
- 1932-1935 : Attaché à titre étranger à l’Institut Français d’Archéologie Orientale du Caire.
- 1936-1948 : Professeur suppléant de copte à l’Institut catholique de Paris.
- 1939-1952 : Chercheur au CNRS.
- 1939-1948 : En charge de la gestion de la bibliothèque du Cabinet d’égyptologie du Collège de France.
- 1956-1957 : Visiting Professor à Brown University (Providence, Rhode Island).
Comme dans son enseignement, tout au long de sa carrière, Michel Malinine conduit ses recherches dans deux domaines distincts, quoique étroitement liés. Il se consacre d’une part à l’égyptologie, plus particulièrement à l’étude des textes de la pratique, économiques, épistolaires et juridiques, écrits en hiératique anormal et en démotique, disciplines dont il assure aussi le renouveau en France et dont il est surtout un des plus éminents spécialistes ; et d’autre part au domaine copte, en particulier les manuscrits inédits, notamment le codex Jung, issu de la Bibliothèque de Nag Hammmadi, qu’il contribue à éditer.
Aux côtés de Georges Posener, Jacques Jean Clère et Jacques Vandier, Michel Malinine participe à l’éclosion de l'« école d’égyptologie de Paris ». Il forme des générations de jeunes chercheurs à la rigueur de l’étude du démotique et de la langue copte. Parmi ses plus éminents étudiants, on mentionnera notamment Jean Yoyotte, Serge Sauneron, Jean-Louis de Cenival, Peter W. Pestman, Aristide Théodoridès, Françoise de Cenival (qui lui succèdera à l’EPHE), Michel Tardieu et Dimitri Meeks.
Michel Malinine est l’auteur d’une œuvre importante, résultat de l’exigeant et persévérant travail d’un philologue accompli qui, dans les spécialités qu’il s’est choisies, demeure toujours aujourd’hui une référence.
- avec J. Pirenne, « Documents juridiques égyptiens », Archives du Droit Oriental V, 1950, p. 11-91.
- Choix de textes juridiques en hiératique « anormal » et en démotique (XXVe-XXVIIe dynasties), 1re partie, BEHE SHP300, Paris, 1953 [La 2de partie a été publiée posthumément par Fr. de Cenival en 1983 à l’IFAO, et forme le volume 18 des Recherches d’Archéologie, de Philologie et d’Histoire].
- avec H.-Ch. Puech et G. Quispel, Evangelium Veritatis. Codex Jung, f. VIIIv-XVIv (p. 16-32) / f. XIXr-XXIIr (p. 37-43), Studien aus dem C.G. Jung – Institut VI, Zurich, 1956.
- avec H.-Ch. Puech et G. Quispel, Evangelium Veritatis [Supplementum]. Codex Jung, f. XVIIv-XVIIIv (p. 33-36), Studien aus dem C.G. Jung – Institut VI, Zurich, 1961.
- avec H.-Ch. Puech, G. Quispel, R. Mc. Wilson et J. Zandee, De Resurrectione (Epistula ad Rheginum). Codex Jung, f. XXIIr-XXVIv (p. 43-50), Zurich, 1963.
- avec G. Posener et J. Vercoutter, Catalogue des stèles du Sérapéum de Memphis, vol. I, Paris, 1968 (2 vol.).
- avec H.-Ch. Puech, G. Quispel, R. Mc. Wilson et J. Zandee, Epistula Jacobi apocrypha. Codex Jung, f. Ir-VIIIv (p. 1-16), Stuttgart, Zurich, 1968.
- avec R. Kasser, H.-Ch. Puech, W. Vycichl, et J R. Mc. Wilson, Tractatus tripartitus. Pars I. De Supernis. Codex Jung, f. XXVIr-LIIv (p. 1-16), Bern, 1973.
- avec R. Kasser, H.-Ch. Puech, W. Vycichl, et J R. Mc. Wilson, Tractatus tripartitus. Pars II, Pars III. De creatione homini, De generibus tribus. Codex Jung, f. LIIv – f. LXXv (p. 104-140) (et de) Oratio Pauli Apostoli. Codex Jung f. LXXII (p. 143-144), Bern, 1975.
- G. Posener, Fr. de Cenival, « Michel Malinine 1900-1977 », Livret de la IVe section de l’EPHE, 1re année, 1982, p. 25-26 (republié dans le Bulletin de l’Institut Français d’Archéologie Orientale 83, 1983, p. V-IX).
- Fr. Le Corsu, « Bibliographie de Michel Malinine », Revue d’égyptologie 30, 1978, p. 7-9