Il vient d'une famille d'immigrés calvinistes hollandais. Son père enseignait le néerlandais à Calvin College, Grand Rapids (Michigan).
Il est marié avec Anne-Marie Cusson, a deux filles et cinq petits-enfants.
John Lagerwey a d'abord étudié à Calvin College de 1964 à 1966. Plus tard, il a étudié les lettres anglaises à l'Université de Michigan de 1966 à 1967, les lettres chinoises classiques à l'Université de Leyde de 1967 à 1968, puis a obtenu un doctorat de lettres chinoises classiques à l'Université de Harvard (1968-1975). Il a étudié à l'EPHE, Ve section, de 1976 à 1977, puis a poursuivi des études post-doctorales sur le taoïsme avec les professeurs Max Kaltenmark et Kristofer Schipper. Il a été membre de l'École française d'Extrême-Orient de 1977 à 2000.
A partir de 2001, il a organisé une Action Concertée d'Initiative qui a débouché sur la production d'un livre collectif "Religion et société en Chine ancienne et médiévale" (Cerf, 2009), ainsi qu'à l'organisation, à Paris en 2006, de deux colloques internationaux sur le même sujet (actes publiés chez Brill en 2009 et 2010). La réception d'une bourse Chiang Ching-kuo de quatre ans a permis la publication en chinois de cinq livres collectifs d'ethnographie sur le Huizhou ("Huizhou chuantong cunluo shehui").
A l'EFEO, il a été Secrétaire du Projet Daozang de 1977 à 1985 ; travail de terrain à Taiwan à partir de 1980 et en Chine à partir de 1985 ; enseignement au Département d'Anthropologie de l'Université chinoise de Hong Kong (CUHK) en 1990, puis au Département de Religion à plusieurs reprises au cours des années 1990 ; en 1994, signature d'un accord de création d'une antenne de l'EFEO avec l'Institut d'études chinoises (ICS). Il a été membre fondateur des "Cahiers d'Extrême-Orient" (CEA) en 1990. Il a reçu du Chiang Ching-kuo Foundation deux bourses de trois ans chacune qui ont permis l'organisation de projets internationaux qui ont débouché sur la production collective, en chinois, de trente livres d'ethnographie ("Kejia chuantong shehui congshu").
De 1977 à 1985, il a surtout travaillé sur l'histoire du rituel taoïste entre le IIe et le XIIIe siècles, produisant 184 articles pour le Projet Daozang, ainsi qu'un livre intitulé "Le Wu-shang pi-yao, somme taoïste du VIe siècle". Parcours de l'univers taoïste qui part du Grand Tao, descend jusque dans les enfers, puis remontent grâce à la pratique jusqu’aux cieux avant de « faire retour au silence ». Ce texte, unique dans l'histoire taoïste, définit pour la première fois de manière systématique le taoïsme devenu religion de l’Etat et soutien qui légitime la dynastie. A partir de 1980, il a également commencé à observer et à filmer les rituels taoïstes à Taiwan puis dans le Fujian, et a rédigé "Taoist Ritual in Chinese Society and History", où il cherche, à partir d’une description minutieuse de rites observés, à voir de manière globale le rôle du taoïsme dans la légitimation du pouvoir impérial et la structuration de la société chinoise. En 1989, après avoir parcouru un grand nombre de montagnes saintes bouddhistes et taoïstes, il a participé à un colloque sur le pèlerinage en Chine. Sa contribution à l'ouvrage collectif sur le Wudangshan a attiré, pour la première fois en Occident, l'attention sur le rôle de cette montagne dans la légitimation du pouvoir impérial à l'époque Ming, ce qui, par la suite, a donné lieu à une thèse importante de la part de son étudiant, Pierre-Henry de Bruyn. A partir de 1989, ayant une vue d’ensemble de l’histoire du rituel taoïste et des ses contours actuels, il s'est tourné vers l’ « auteur » du rituel : la société, pour découvrir quelle « niche » y occupait le taoïsme par rapport aux autres religions, le confucianisme, le bouddhisme et le médiumisme. Bientôt ces travaux se sont organisés en collaboration avec des chercheurs chinois, puis en équipes de recherche souvent composées de cadres retraités qui produisaient des ethnographies de leurs villages et villes de marché. En vingt ans de temps (de 1996 à 2016), environ quarante volumes sur ces sujets auront été publiés en chinois. En arrivant à l’EPHE, il a commencé l’organisation d’une série de colloques sur les changements paradigmatiques dans l’histoire des religions chinoises. Le résultat est un ensemble de huit gros volumes plurisdisciplinaires, couvrant l’archéologie, la philosophie, l’iconographie, le rituel et bien d’autres domaines, afin de voir comment, ensemble ils se transforment à une même époque.
Le Wu-shang pi-yao : somme taoïste du VIe siècle, Paris, EFEO, 1981.
Taoist Ritual in Chinese Society and History, New York, Macmillan, 1987.
Le continent des esprits : la Chine dans le miroir du taoïsme, Bruxelles, La Renaissance du Livre, 1991.
China: a Religious State, Hong Kong, University Press, 2010.
«The Oral and the Written in Chinese and Western Religion», Religion und Philosophie in Ostasien (Festschrift für Hans Steininger), éd. G. Naundorf, K.H. Pohl, H.-H. Schmidt, Würzburg, Königshausen und Neumann, 1985, p.301-322.
«Les lignées taoïstes du nord de Taiwan», Cahiers d’Extrême-Asie 4 (1988), p.127-143.
«The Pilgrimage to Wudangshan», Pilgrims and Sacred Sites in China, éd. Susan Naquin et Yü Chun-fang, Berkeley, U. of California Press, 1992, p.293-332.
«Notes on the Symbolic Life of a Hakka Village», Minjian xinyang yu Zhongguo wenhua guoji yantao hui lunwen ji (Acts of the International Conference on Popular Religion and Chinese Culture), Taipei, Hanxue yanjiu zhongxin, 1994, t. 2, p.733-762.
«Cult Patterns Among the Hakka in Fujian: a Preliminary Report», Minsu quyi 91 (1994), p.503-565.
«Dingguang Gufo : Oral and Written Sources in the Study of a Saint», Cultes des sites, cultes des saints, éd. F. Verellen, Cahiers d’Extrême-Asie 10 (1998), p.77-129.
«A Year in the Life of a Mingqi Saint», Minsu quyi 117 (1999), p.329-370.
«Questions of Vocabulary or How Shall We Talk About Chinese Religion?» Daojiao yu minjian zongjiao yanjiu lunji (Studies of Taoism and Popular Religion), éd. Lai Chi Tim, Hong Kong, Xuefeng wenhua, 1999, p.165-181.
«Patterns of Religion in West-Central Fujian : The Local Monograph Record», Minsu quyi 129 (2001), p.43-236.
«Popular Ritual Specialists in West Central Fujian», in Shehui, minzu yu wenhua zhanyan guoji yantao hui lunwen ji, Taipei, Hanxue yanjiu zhongxin, 2001, p.435-507.
«Of Gods and Ancestors : the Ten-Village Rotation of Pingyuan shan», Minsu quyi 137 (2003), p.61-139.
«Deux écrits taoïstes anciens», Cahiers d’Extrême-Asie 14 (2004), p.139-171.
« Scriptures are the Dregs of the Men of Old : Scripture and Practice in Comparative Perspective», in Scripture, Schools and Forms of Practice in Daoism: A Berlin Symposium, éd. Poul Andersen & Florian Reiter, Wiesbaden, Harrassowitz Verlag, 2005, p.49-75.
«Zhengyi Registers», Institute of Chinese Studies Visiting Professor Lecture Series (I), Journal of Chinese Studies Special Issue, Chinese Univ. of Hong Kong, 2005, p.35-88.
«The Old Lord’s Scripture for the Chanting of the Commandments», Purposes, Means and Convictions in Daoism : A Berlin Symposium, éd. Florian Reiter, Wiesbaden, Harrassowitz, 2007, p.29-56.
«Gods and ancestors: cases of crossover», Essays on Chinese local religious rituals, éd. Tam Wai Lun, Hong Kong, Centre for the Study of Religion and Chinese Society, Chung Chi College, CUHK, 2011, p.371-410.