Accueilli dans le laboratoire de Cytologie de l’EPHE d'Emmanuel Fauré-Frémiet dès ses années de formation, Boris Ephrussi reste vingt ans directeur d'un laboratoire de l’EPHE, de 1937 à 1957. L'École crée pour lui en 1937 le laboratoire de Génétique, théoriquement établi au Collège de France, bien qu’il travaille en fait à l’IBPC. Avec le laboratoire créé à l’ENS pour Georges Teissier cette même année, c’est la première reconnaissance institutionnelle accordée à des généticiens en France, tous deux alors simples assistants à l’université. Son laboratoire sera fermé pendant son exil de 1940 à 1944 du fait des lois de Vichy sur le statut des juifs.
Boris Ephrussi fut un pionnier de la génétique physiologique (appelée aujourd’hui génétique moléculaire), de la génétique du développement, de l’hybridation cellulaire et de la génétique des relations nucléo-cytoplasmiques (interactions noyau-mitochondries). Il fut le premier titulaire d’une chaire de génétique en France (1946).
Émigré russe venu en France à 19 ans, il s’initie à l’embryologie sous la direction d’Emmanuel Fauré-Frémiet (1883-1971), professeur au Collège de France et directeur du laboratoire de Cytologie de l’EPHE créé en 1928. Devenu son assistant, Ephrussi s’installe dans des locaux attribués à Fauré-Frémiet à la Fondation Rothschild (Institut de Biologie physico-chimique, ou IBPC). Après sa thèse, suivant le conseil d’André Mayer (Collège de France et EPHE), il obtient une bourse Rockefeller pour s’initier à la génétique de la drosophile aux États-Unis en 1934-1935, successivement avec Thomas H. Morgan au California Institute of Technology et avec Alfred H. Sturtevant à Woods Hole. Il y travaille avec l’Américain George W. Beadle et le Français Jacques Monod, lequel fait alors ses premiers pas en génétique. Puis Ephrussi revient à l’IBPC avec Beadle. Ensemble, ils font des expériences d’un grand retentissement démontant les interactions de développement entre les différents gènes influençant la couleur de l’œil de la drosophile (revenu aux USA, Beadle énoncera en 1941 avec Edward L. Tatum un principe majeur de la génétique moléculaire, la relation "un gène, un enzyme", qui leur vaudra le prix Nobel partagé avec Joshua Lederberg en 1958). Pendant la guerre, les lois de Vichy expulsant les juifs de l’éducation nationale s’appliquent à Ephrussi, qui s’exile aux États-Unis. Après la guerre, Ephrussi revient à l’IBPC avec un crédit de la Fondation Rockefeller, travaillant désormais sur la génétique de la levure. Il découvrira les mutations "petites" affectant la respiration, démontrant l’existence du génome mitochondrial et des interactions nucléo-cytoplasmiques. Sous la conduite du physicien Auger, le ministère de l’éducation nationale oblige les biologistes de la Sorbonne à ouvrir une chaire en génétique. Celle-ci est votée de justesse en 1946 avec l’appui des physiciens et mathématiciens, 46 ans après la redécouverte des loi de Mendel ! Elle ira à Ephrussi, tandis que le CNRS, dirigé par George Teissier, crée trois laboratoires de génétique à Gif-sur-Yvette, dont le principal, attribué à Ephrussi, est consacré à la génétique physiologique et deviendra le CGM (Centre de génétique moléculaire) appelé à être une référence dans l’essor de la génétique en France. Mais Ephrussi ne s’installera à Gif qu’en 1959, pour repartir aux États-Unis de 1962 à 1967.
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