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Après une maîtrise de Biologie animale à l'Université de Dijon obtenue en 1970, Roger Prodon s'oriente d'abord vers l'écologie des milieux aquatiques et soutient une thèse de 3e cycle à l'Université Claude Bernard Lyon-I en 1976 (spécialité : écologie animale, hydrobiologie). Cette thèse essentiellement expérimentale porte sur la sélection de l'habitat par des insectes d'eau courante (Trichoptères, Odonates). Avec son recrutement au Laboratoire Arago (UPMC, Banyuls-sur-Mer), après une période d'hésitation thématique, il se réoriente vers l'étude des changements paysagers et perturbations, et notamment de l'impact sur la faune des grands incendies méditerranéens. Il soutient sur ce thème sa thèse de Doctorat d'État ès-Sciences à l'Université Pierre et Marie Curie Paris-6 en 1988 (spécialité : écologie terrestre).
Directeur d'Études et directeur du laboratoire Biogéographie et Ecologie des Vertébrés de 2000 à 2012.
Directeur d'Études émérite dans ce même laboratoire depuis 2014.
En 2002, Roger Prodon obtient pour son laboratoire le statut d'équipe d'accueil (EA 3581, basée à l'Université Montpellier-2). En 2007, il obtient l'intégration de son équipe de recherche dans l'UMR 5175 (Centre d'Écologie Fonctionnelle et Évolutive, sur le campus du CNRS, Montpellier). L'équipe y conserve ses axes de recherches, centrés sur l'écologie de la conservation des vertébrés, mais développe ses collaborations et son enseignement, notamment doctoral.
En 2012, Roger Prodon cède la direction de l'équipe de recherche à Claude Miaud.
1972-1973 : chargé du cours d'écologie à l'ENITA de Dijon-Quétigny.
1972-1973 : assistant délégué en Biologie Animale à l'Université Claude Bernard-Lyon 1.
1973-1985 : assistant en Biologie Animale à l'UPMC Paris-6, Laboratoire Arago.
1986-2000 : maître de Conférences à l'UPMC Paris-6, Laboratoire Arago.
1995-1997 : cours d'écologie générale à l'Université Santa Ursula (USU) de Rio de Janeiro (dans le cadre d'un accord de coopération avec l'UPMC).
– Membre ou ancien membre de plusieurs conseils scientifiques (Conseil départemental de la chasse et de la faune sauvage des Pyrénées-Orientales, Conseil scientifique du conservatoire des espaces naturels du Languedoc-Roussillon, du Parc Naturel Régional des Pyrénées Catalanes, etc.)
– Président-fondateur de deux associations naturalistes ornithologiques.
Résilience des écosystèmes, cicatrisation post-perturbation, changements paysagers : Réponses des espèces animales, tout spécialement de l'avifaune, aux changements environnementaux ; mesure des vitesses de « cicatrisation » faunistique des paysages méditerranéens après perturbation ; résilience des milieux et des communautés ; conséquences des incendies sur la biodiversité faunistique, dans un contexte de fermeture des paysages en déprise dans les arrière-pays méditerranéens.
Perturbations et insularité : Originalités de la dynamique post-perturbation en milieu insulaire (Corse) ; impact du feu sur les forêts d'altitude, où le taux d’endémisme est élevé. Étude du « système Sittelle corse – Pin laricio », association proche du commensalisme entre ces deux taxons endémiques.
Gradients, phénologie et changements climatiques : Facteurs de forçage des zonations avifaunistiques altitudinales, dans un contexte de changement climatique (comparaisons inter-massifs montagneux ou inter-dates). Variations de la phénologie des amphibiens-reptiles du sud de la France au cours des trente dernières années sous la double influence du réchauffement climatique et de l'Oscillation Nord-Atlantique.
Ornithologie : Mécanismes de différentiation et de ségrégation morphologique, écologique et éthologique entre les espèces d'oiseaux du genre Oenanthe, notamment en Iran. Test de l'hypothèse d'un conservatisme phylogénétique de la niche au sein de ce genre typique des zones arides de l'ancien monde.
PRODON R, LEBRETON J-D (1981). Breeding avifauna of a Mediterranean succession: the holm oak and cork oak series in the eastern Pyrenees, 1. Analysis and modelling of the structure gradient. Oikos, 37 : 21-38.
CHESSEL D, LEBRETON J-D, PRODON R. (1982). Mesures symétriques d'amplitude d'habitat et de diversité intra-échantillon dans un tableau espèces-relevés: cas d'un gradient simple. C. R. Séances Acad. Sci. Ser.III Sci. Vie, 295 : 83-88.
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Ouvrages
TRABAUD L, PRODON R eds. Fire and biological processes. Leiden: Backhuys, 2002.
PRODON R, TATONI T. Le feu, facteur structurant de la biodiversité méditerranéenne. in SAUVAGNAGUE S (ed.), Paris: Lavoisier, 2012.
Président-fondateur du "Groupe Ornithologique du Roussillon" (association loi 1901, siège à Perpignan), société de naturalistes amateurs pour l'étude et la protection de l'avifaune des Pyrénées-Orientales et des secteurs limitrophes.
Président-fondateur de "Meridionalis" (association loi 1901), fédération des associations ornithologiques des département des Pyrénées-Orientales, de l'Aude, de l'Hérault, du Gard et de la Lozère.