Né dans une famille de petits commerçants marqués par la piété du Réveil protestant. Le grand-père est aubergiste.
Marié avec Marie Elise Vercel (morte en 1869). Remarié en 1875 avec Frankline Groult. Leurs deux filles Marguerite et Lucie ont épousé les frères Abel (diplomate) et Elie (professeur de droit) Chevalley. Lucie Chevalley (1882-1979), militante féministe, a présidé le Service social d’aide aux émigrants ; elle a reçu la médaille de Juste parmi les nations.
Études secondaires à l’Institution Olivier (enseignement privé protestant) à Ganges (Hérault)
Études de théologie à la Faculté de théologie protestante de Montauban à partir de 1858.
Séjours dans les facultés de Bâle, Tübingen et Heidelberg.
Marié avec Marie Elise Vercel (morte en 1869). Remarié en 1875 avec Frankline Groult. Leurs deux filles, Marguerite et Lucie, ont épousé les frères Abel (diplomate) et Elie (professeur de droit) Chevalley. Lucie Chevalley (1882-1979), militante féministe, a présidé le Service social d’aide aux émigrants ; elle a reçu la médaille de Juste parmi les nations.
Pasteur à Aubenas (Ardèche) de 1864 à 1868.
Professeur de dogmatique réformée à la Faculté de théologie protestante de Strasbourg (1869) (exclu de la Faculté après l'annexion).
Professeur de dogmatique réformée à la Faculté de théologie protestante de Paris (de 1877 à sa mort).
Directeur de l'école du dimanche de l’Église réformée de l’Étoile (Paris).
Rédacteur au Temps (à partir de 1882).
Collaborateur au Journal de Genève.
L'histoire de la théologie française évoque, à propos de l'œuvre d'Auguste Sabatier et de son collègue Eugène Ménégoz, le "symbolo-fidéisme", dominant dans les années 1900 à la Faculté de théologie de Paris (on parle aussi d’École de Paris). Les deux hommes espéraient dépasser la vieille opposition entre les courants « orthodoxe » et « libéral », qui avait conduit au schisme de 1872 entre protestants. Seule l'œuvre de Sabatier retient encore l'attention aujourd’hui, à travers des titres comme De la vie intime des dogmes et de leur puissance d'évolution (1889) ou Les religions d'autorité et la religion de l'esprit (1904, posthume), qui indiquent bien dans quelle direction il a travaillé. François Laplanche a ainsi défini son apport : « Entre la théologie et la culture, Sabatier aperçoit trois lignes de fracture : l'écart entre la science et la foi, l'opposition entre l’hétéronomie de la loi ecclésiale (fixant dogmes et préceptes) et l'autonomie de la conscience, la contradiction entre la fixité des dogmes et l'appartenance à l'histoire de toutes les réalités de ce monde. » Il y a une vie des dogmes comme il y a une vie des organismes ou du langage (le même Laplanche). Les formules dogmatiques ne sont pas décisives, il faut passer par les symboles qui tentent de rendre sensibles les réalités spirituelles.
Sabatier a été connu au-delà des rangs du protestantisme, notamment pour son Esquisse d'une philosophie de la religion, d'après la psychologie et l'histoire (1897). Même s'il est resté dans l’Église et la foi chrétiennes, il semble très proche de la pensée d'un Ferdinand Buisson. Les deux hommes ont œuvré à montrer et renforcer le lien entre le protestantisme et la République laïque, Sabatier insistant sur la place légitime d'une Faculté de théologie dans le système universitaire français. Il a commenté l'actualité, y compris politique et littéraire, dans ses « Lettres du dimanche » dans le Journal de Genève.
L’apôtre Paul. Esquisse d'une histoire de sa pensée, Strasbourg : Treuttel et Wurtz, 1870, IV-296 p. (4e éd., Paris : Fischbacher, 1912).
Contributions à l’Encyclopédie des sciences religieuses (1877-1882) dirigée par Frédéric Lichtenberger.
De la vie intime des dogmes et de leur puissance d'évolution, Paris : Fischbacher, 1890, 53 p.
Esquisse d'une philosophie de la religion d'après la psychologie et l'histoire, Paris : Fischbacher, 1897, XVI-415 p. (9e éd. 1920).
« La religion et la culture moderne », conférence faite au Congrès des sciences religieuses de Stockholm, le 2 septembre 1897, Paris : Fischbacher, 1897, 46 p.
Lettres du dimanche, Paris : Revue chrétienne, 1900, II-481 p.
Les Religions d'autorité et la religion de l'esprit, Paris : Fischbacher, 1904, XII-571 p. (posthume; rééd. Berger-Levrault, 1956).
(Collectif), Auguste Sabatier, sa vie, sa pensée et ses travaux, Paris : Fischbacher, 1903, 100 p.
Henry Dartigue, Auguste Sabatier critique littéraire, d'après sa correspondance au journal de Genève, Paris : Fischbacher, 1910, IX-XX-179 p.
John Viénot, Auguste Sabatier. I La jeunesse : 1839-1979, Paris : Fischbacher, 1927, 428 p.
Thomas Silkstone, Religion, Symbolism and Meaning. A Critical Study of the Views of Auguste Sabatier, Londres : Faber, 1968.
Bernard Reymond, Auguste Sabatier et le procès théologique de l'autorité, Lausanne : L’Âge d'homme, 1976, 334 p.
François Laplanche, « Sabatier Louis Auguste », dans André Encrevé (dir.), Les protestants, Dictionnaire du monde religieux dans la France contemporaine, 5, Paris : Beauchesne, 1993, p. 435-438.
Bernard Reymond, Auguste Sabatier, un théologien à l'air libre, 1839-1901, Genève : Labor et Fides, 2011, 142 p.