- Archiviste paléographe (1976).
- Elève diplômé de l'EPHE, IVe section (1982).
- Docteur d'État ès Lettres (1989).
Directeur d'études de la Section des Sciences historiques et philologiques (2001-2017).
Président de l'EPHE (2006-2011).
Membre de l'École française de Rome (1976-1979).
En fonction au Ministère des Affaires étrangères, Paris (Direction des Archives et de la Documentation, 1979-1981).
Attaché de recherche au CNRS (1981-1983).
En fonction au Ministère des Affaires étrangères, Paris (Direction des Archives et de la Documentation ; Direction du Personnel et de l'Administration générale, 1983-1988) et Rome (Ambassade en Italie, 1988-1990).
Professeur des universités (Strasbourg, 1990-1998; Paris 12, 1998-2001).
Président de l’Association de préfiguration du Campus Condorcet (2009), de la Fondation de coopération scientifique Campus Condorcet (2009-2012), de l'Établissement public de coopération scientifique Campus Condorcet (2012-2016).
Histoire des institutions, histoire des finances publiques, histoire politique, en France et en Italie, à l'époque moderne.
Monographies
Les grands maîtres des eaux et forêts de France de 1689 à la Révolution française, Genève : Droz, 1978, XXIII-440 p. (Mémoires et documents publiés par la société de l'École des chartes, 25).
De la corruption. Morale et pouvoir à Florence aux XVIIe et XVIIIe siècles, Paris : Fayard, 1984, 257 p. Traductions : Milan : Mondadori, 1986 ; Cambridge : Polity Press, & University Park (PA) : Pennsylvania State University Press, 1991.
Le grand-duché de Toscane sous les derniers Médicis. Essai sur le système des finances et la stabilité des institutions dans les anciens Etats italiens, Rome : École française de Rome, 1990, X-657 p. (Bibliothèque des écoles françaises d'Athènes et de Rome, 276).
La conjuration des dictionnaires. Vérité des mots et vérités de la politique dans la France moderne, Strasbourg : Presses Universitaires de Strasbourg, 2000, 267 p.
François de Callières. L’art de négocier en France sous Louis XIV, Paris: Éditions Rue d’Ulm, 2005, 288 p.
Temps et diplomatie dans l'Europe moderne (XVIe-XVIIIe siècle), Genève : Droz, 2024, 640 p.
Direction ou co-direction d'ouvrages
La fiscalité et ses implications sociales en Italie et en France au XVIIe et au XVIIIe siècle, Rome : École française de Rome, 1980, 218 p. [Collection de l’École française de Rome, 46].
Les espaces de l’historien. Études d’historiographie rassemblées par Jean-Claude Waquet, Odile Goerg et Rebecca Rogers, Strasbourg : Presses universitaires de Strasbourg, 2000, 264 p.
Papes, princes et savants dans l’Europe moderne. Mélanges à la mémoire de Bruno Neveu, dir. J.-L. Quantin, J.-C. Waquet, Genève : Droz, 2007, 441 p.
Paroles de négociateurs : l’entretien dans la pratique diplomatique de la fin du Moyen Age à la première guerre mondiale, éd. S. Andretta, S. Péquignot, M.-K. Schaub, J.-C. Waquet, C. Windler, Rome : École française de Rome, 2010, 446 p. [Collection de l’École française de Rome, 433].
De l’ambassadeur. Les écrits relatifs à l'ambassadeur et à l'art de négocier du Moyen Âge au début du XIXe siècle, éd. S. Andretta, S. Péquignot, J.-C. Waquet, Rome : École française de Rome, 2015, 650 p. [Collection de l’École française de Rome, 504].
Le Temps des Italies XIIe-XIXe siècle, éd. J. Boutier, S. Landi, J.-C. Waquet, Paris, Passés Composés, 2023, 756 p.
Publication pour l'enseignement supérieur
L'Italie au XVIIe siècle, Paris : SEDES, 1989 (en coll. ; première partie, "Politique, institutions et société dans l'Italie du 'Seicento'", p. 13-133).