Jean Baubérot est le fils de René Baubérot, professeur d’histoire et de géographie au lycée de garçons Gay-Lussac (Limoges), et de Violette Baubérot-Souttre, professeure de psychologie de l’enfant à l’École normale de jeunes-filles (Limoges).
Marié, trois enfants.
En 1959, Jean Baubérot a remporté le 1er prix d’Histoire au Concours général des lycées et collèges. Il a étudié à la Faculté de théologie protestante de Paris puis à l'Université de Paris IV-Sorbonne. En 1966, il obtient un doctorat de troisième cycle en histoire : « L’évangélisation protestante non-concordataire et le problème de la liberté religieuse au XIXe siècle » et le diplôme de l’EPHE en 1967. En 1984, il soutient une thèse doctorat ès-lettres et sciences humaines : « Le protestantisme et la laïcisation de la société française XIXe-XXe siècle ».
Emmanuel Le Roy Ladurie, Henri-Irénée Marrou, Jean-Marie Mayeur, Emile Poulat, Daniel Robert, Richard Stauffer, Jean Tulard ont été ses professeurs.
Jean Baubérot a été président de la Section des Sciences Religieuses de 1986 à 1994 et président de l'EPHE de 1999 à 2003. De 1995 à 2001, il a dirigé le Groupe de Sociologie des Religions et de la Laïcité (GSRL, devenu le Groupe Sociétés, Religions, Laïcités – CNRS-EPHE) dont il a été le fondateur. Jean Baubérot a également été co-directeur de l’Institut d’Anthropologie franco-russe de l’Université des Sciences humaines de Russie (Moscou) de 1996 à 2000.
Par ailleurs, Jean Baubérot a enseigné dans plusieurs universités dont : UQAM, Université de Montréal, (Canada), Harvard, Princeton, New York University, University of Southern California, Columbia (Etats-Unis), Tokyo University, Kyoto University, Waseda, (Japon), Oxford (Grande Bretagne), Roma tre, (Italie), Colegio de Mexico (Mexique), Heidelberg, (Allemagne)...
Jean Baubérot a été président du Centre Protestant d’Etudes et de Documentation de 1980 à 1990. De 1993 à 1997, il co-dirigea avec Mme Ishidoh, professeur à l’Université Waseda (Tokyo) le Programme sur « les Valeurs dans l’Education », qui a regroupé des chercheurs de différentes universités françaises et japonaises.
De 1997 à 1998, il a été membre du Cabinet, chargé de la Formation à la Citoyenneté, de la ministre déléguée à l’Enseignement Scolaire, Ségolène Royal.
Il a co-dirigé le Programme UNESCO-EPHE : « Les civilisations dans le regard de l’autre » de 2000 à 2003 et a été membre de la Commission Sur l’application du Principe de Laïcité dans la République, Présidence de la République, de juillet à décembre 2003.
- Un christianisme profane ? Royaume de Dieu, Socialisme et modernité culturelle dans le périodique chrétien-social l’Avant-Garde (1899-1911), Paris : PUF, Bibliothèque de l’Ecole des Hautes-Etudes, Section des Sciences religieuses, 1978, 295 p. (réédit. : Archives Karéline, 2009).
- Le pouvoir de contester, contestations politico-religieuses autour de « Mai 68 » et le document « Eglise et Pouvoir », Genève : Labor et Fides (Histoire et Société), 1983, 335 p.
- Vers un nouveau pacte laïque ?, Paris : Seuil, 1990, 272 p.
- La morale laïque contre l’ordre moral sous la Troisième République, Paris : Seuil, 1997, 366 p. (réédit. Archives Karéline, 2009).
- Une haine oubliée : L’antiprotestantisme avant le pacte laïque (1870-1905) (avec V. Zuber), Paris : Albin Michel (Science des religions), 2000, 334 p.
- Religion, modernité et culture au Royaume-Uni et en France (1800-1914), (avec S. Mathieu), Paris, Seuil (Points Inédit Histoire), 2002, 322 p.
- Laïcité 1905-2005, entre passion et raison, Paris : Seuil (La couleur des idées), 2004, 286 p.
- Une laïcité interculturelle. Le Québec avenir de la France ?, La Tour d’Aigues : Éditions de l’Aube, 2008, 283 p.
- Laïcités sans frontières (avec M. Milot), Paris : Seuil (La couleur des idées), 2011, 351 p.
- Les sept laïcités françaises, Paris : Édition de la Maison des Sciences de l’Homme (Interventions), 2012, 176 p.
- Histoire des protestants. Une minorité en France (XVI-XXIe siècle) (avec M. Carbonnier-Burkard), Paris : Ellipse, 2017, 574 p.
Depuis 2002, il préside l'association des Amis des Concerts de Villefavard (Haute-Vienne).
V. Zuber, P. Cabanel, R. Liogier (éd.), Croire, s'engager, chercher. Autour de Jean Baubérot, du protestantisme à la laïcité, Bibliothèque de l’Ecole des Hautes Etudes, Sciences Religieuses, Turnhout : Brepols, 2016.
- « Jean Baubérot ou la laïcité caustique », dans P. Boniface, Les intellectuels intègres, Paris : Jean-Claude Gawsewitch Editeur, 2013, p. 47-80.
- André Encrevé – Perrine Simon-Mahum, « Jean Baubérot », in P. Cabanel – A. Encrevé (dir.), Dictionnaire biographique des protestants français de 1787 à nos jours, t. I : A-C, Paris : Éditions de Paris – Max Chaleil, 2015, p. 199-200.
Jean Baubérot a publié un essai autobiographique : Une si vive révolte, Paris : L’Atelier, 2014, 230 p.
Notice dans les chercheurs du gsrl : http//www.gsrl.cnrs.fr/