Il entre à l'Ecole normale supérieure en 1940, et obtient l'agrégation de géographie en 1945. En 1953, il obtient le diplôme de l'EPHE, Ve section. En 1955, il devient docteur ès lettres.
De 1964 à 1990, il a été directeur d'études à la Ve section.
De 1946 à 1948, il a été attaché de recherche au CNRS et chargé de mission auprès des musées nationaux (département d'Égyptologie du Louvre). De 1948 à 1952, il a été membre de l'Institut français d'Archéologie orientale du Caire. En 1952, il est chargé de la création du Service des Antiquités de l'Éthiopie. De 1953 à 1963, Jean Leclant a été chargé de cours, puis professeur à l'Université de Strasbourg. De 1963 à 1979, il a enseigné l'égyptologie à la Sorbonne. Il a dirigé, de 1966 à 1990, l'URA 1228 des Pyramides à textes d'Égypte du CNRS et a enseigné l'égyptologie au Collège de France de 1979 à 1990.
En 1992, Jean Leclant devient conservateur de la Villa Kérylos. Il dirige la Mission des experts archéologiques en Éthiopie de 1952 à 1956, des fouilles de Saqqarah à partir de 1963 et de la Mission archéologique française au Soudan (Soleb de 1960 à 1978 et Sedeinga à partir de 1979). Il a été membre de nombreuses sociétés savantes : il a été président de la Société française d'Égyptologie, membre de l'Institut d'Égypte du Caire, président puis président d'honneur de la Société asiatique, membre de la Société nationale des Antiquaires de France, président de la Société des Africanistes, président de la Société française des Études éthiopiennes, président de la Society for Nubian Studies de Londres, coprésident du Groupe international d'études méroïtiques, membre de l'Instituto Italiano per il Medio ed Estremo Oriente de Rome, du Deutsches archäologisches Institut de Berlin, de l'Österreichische Gesellschaft für Archäologie de Vienne et de l'Association internationale pour l'Histoire des Religions. Il a été membre et secrétaire général de la Commission consultative des Recherches archéologiques à l'étranger du ministère des Affaires étrangères, membre du Conseil supérieur de la Recherche et de la Technologie. Il fut membre de l'Académie royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, de l'Accademia nazionale dei Lincei de Rome, de la British Academy de Londres, de la Bayerische Akademie der Wissenschaften de Munich, de l'Académie royale suédoise des Lettres, Histoire et Antiquités de Stockholm, de l'Académie royale danoise des Sciences et Lettres de Copenhague, de l'Académie roumaine de Bucarest, de l'Académie des Sciences de Russie, de l'Academia Europea de Londres, de l'Académie espagnole d'Histoire de Madrid, de l'Académie de Barcelone, de l'American Philosophical Society de Philadelphie, de l'Académie des Sciences d'Outre-Mer de Paris, de l'Académie Delphinale de Grenoble, des Académies de Lyon, Aix-en-Provence, Bordeaux, et Marseille.
Il a collaboré à la revue Orientalia et au Lexikon der Ägyptologie. Il a fondé et codrigé les Annales d'Éthiopie de 1955 à 1972 et a fondé et dirigé les Meoitic Newsletter. Il a été directeur de la série Les Pharaons de la collection L'univers des formes de 1978 à 1980 et de la collection des Cahiers de la Villa Kérylos.
- "La colonnade éthiopienne à l'est de la grande enceinte d'Amon à Karnak" (dans Bulletin de l'Institut français d'Archéologie orientale), 1953.
- Enquêtes sur les sacerdoces et les sanctuaires égyptiens à l'époque dite "éthiopienne" (XXVe dynastie), 1954.
- Karnak-Nord IV (en collaboration avec P. Barguet et C. Robichon), 1954.
- French Bibliographical Digest, Archaeology (1945-1955), 1956.
- Dans les pas des Pharaons, 1958-1967.
- Montouemhat, quatrième prophète d'Amon, Prince de la Ville, 1961.
- Recherches sur les monuments thébains de la XXVe dynastie, dite "éthiopienne", 1965.
- Soleb I et II (en collaboration avec M. Schiff Giorgini et C. Robichon), 1966-1971.
- "Antiquités égyptiennes" (dans Rodin Collectionneur, catalogue d'exposition), 1967-1968.
- "Les recherches archéologiques dans le domaine méroïtique" (dans Internationale Tagung für Meroitische Forschungen), 1971-1973.
- Mission de Saqqarah I, Le temple haut du complexe funéraire du roi Téti (en collaboration avec J.-Ph. Lauer), 1972-1977.
- Le temple haut du complexe funéraire du roi Ounas (en collaboration avec A. Labrousse et J.-Ph. Lauer), 1972-1977.
- Inventaire bibliographique des Isiaca. I, II, III, IV (en collaboration avec G.Clerc), 1972-1991.
- Ethiopie millénaire (catalogue d'exposition), 1974.
- "Koushites et Méroïtes : l'iconographie des souverains africains du Haut-Nil antique" (dans L'image du Noir dans l'art occidental, ouvrage collectif), 1976.
- Kution. II, Objets égyptiens et égyptisants (en collaboration avec V. Karageogrhis et alii), 1976.
- La culture des Chasseurs du Nil et du Sahara, 2 vol. (en collaboration avec P. Huard), 1980.
- Histoire des Cinq Académies, 1995.
Hommages à Jean Leclant, 4 vol., Le Caire, 1993.
- "Jean Leclant. Bibliographie", dans Hommages à Jean Leclant (op. cit.), 1993, p. 431-491.
- Annuaire de l'Académie des Inscriptions et Belles-Lettres, sous la direction de J. Leclant, par N. Rousset et R. Cardinaud, 1996, t. I,p. 142-146.