Son père, Jules Guiart, était professeur de Parasitologie et d'Histoire naturelle médicale à la Faculté de Médecine de Lyon: spécialiste des Saints guérisseurs. Son grand-oncle, le professeur Bouchard, était directeur de la Médecine au ministère de l'instruction publique. Son autre grand-oncle, le professeur Ruffer, était directeur de la Santé militaire de sa Majesté britannique pour le Moyen-Orient en 1914, spécialiste de l'étude médicale des momies egyptiennes, il sera torpillé dans le même navire que le field-marshal Kitchener. Son arrière-grand-père maternel a fondé à Lyon la Banque à l'origine du Crédit Commercial de France, puis à Londres la banque Ruffer and Sons. Son grand-père, le professeur Pierret, était professeur de Physiologie nerveuse à la Faculté de médecine de Lyon. Sa mère, Hélène Pierret, aura un cousin germain tué dans les Panzer allemands pendant la campagne de France en 1940, un autre major dans la 8ème armée anglais en Lybie, un troisième super préfet de Vichy en zone nord et licencié à la Libération. L'ancêtre du côté maternel est le docteur Prieger, dont la statue orne la "Prieger promenade", devant l'église, à Bad-Kreuznach (Rhénanie). Du côté paternel, ils étaient officiers de santé de père en fils à Chézy-sur-Marne : un ancêtre a fourni la berline de la "fuite à Varennes".
Il épouse Joséphine Soat-Calimbre avec laquelle il a eu trois fils : Michel, Armand et René.
Il a fait ses études secondaires au lycée Ampère à Lyon et a obtenu son baccalauréat en 1943. En 1943, il s'inscrit à Paris au Séminaire de la Faculté de Théologie protestante et au cours de Maurice Leenhardt à la Ve section de l'EPHE en licence libre (sociologie, histoire des religions, psychologie, ethnologie). Il obtient le diplôme de l'Ecole nationale des langues orientales vivantes (langues océaniennes en 1947). Il fut diplômé d'ethnologue colonial en 1948 à l'ORSC, de l'EPHE en 1956. Il devient docteur ès lettres en 1963 ; le jury était composé de A. Leroi-Gourhan, Georges Balandier, Claude Lévi-Strauss, Raymond Aron et Sir Raymond Firth.
Jean Guiart a été directeur d'études (religions océaniennes) à l'EPHE, Ve section, de 1957 à 1973.
Il a été attaché au Musée de l'Homme, au département d'Océanie de 1944 à 1947, chargé de recherches et maître de recherches à l'ORSC, puis l'ORSTOM, en séjour à Nouméa (en Nouvelle-Calédonie), de 1947 à 1956. Il a été maître de conférences, professeur à titre personnel, puis professeur titulaire à la sorbonne et directeur de l'UER de Sciences Sociales de 1968 à 1973. Il a également été professeur titulaire au Museum National d'Histoire Naturelle (ethnologie) et directeur du laboratoire d'Ethnologie au Musée de l'Homme de 1973 à 1995.
Jean Guiart a été Secrétaire Général de la Société des Etudes Mélanésiennes de Nouméa de 1951 à 1957. Il a été vice-président, puis président, puis encore vice-président de la Société des Océanistes de 1958 à 1995 et membre de la Commission Anthropologie-Ethnologie du CNRS de 1958 à 1970. Il fut chargé de la section des Arts Océaniens au Musée National des Arts Africains et Océanies de 1958 à 1980. Il fit des missions en Nouvelle-Calédonie, au Vanuatu, aux îles Salomons, en Papouasie, Nouvelle-Guinée, en Polynésie française et en Nouvelle-Zélande de 1957 à 1995.
Il collabora à la Revue Etudes Mélanésiennes, et du Journal de la Société des Océanistes, des Langues du monde, de South Pacific, de Manking, du Journal of the Plynesian Society, du Journal of Pacific History, d'Oceania, de L'Homme, de Le Monde non-chrétien et du Journal of Pacific Studies.
Il fut auteur du rapport sur l'ethnologie dans le Rapport de Conjoncture du CNRS (1967).
- L'art autochtone de Nouvelle-Calédonie.
- Un siècle et demi de contaxts culturels à Tanna (Nouvelle-Hébrides).
- Contes et Légendes de la Grande Terre.
- Espiritu Santo
- Destin d'une église et d'un peuple, Nouvelle-Calédonie (1900-1959), Etude monographique d'une oeuvre missionnaire protestante.
- Structure de la chefferie en Méanésie du Sud, 1963, réédité partiellement et augmentée en 1992.
- Autour de la transversale Koné-Tiwaka, Les données de l'économie agraire dans le Centre de la Nouvelle-Calédonie, en collaboration avec F. Robert.
- Océanie, L'Univers des Formes, Gallimard, 1966.
- Mythologie du masque en Nouvelle-Calédonie.
- Les Religions de l'Océanie.
- Clefs pour l'Ethnologie.
- Sépik Art.
- Système des titres dans les Nouvelles Hébrides Centrales, d'Efate aux Iles Shepherds, en collaboration avec J.-J. Espirat, M.-S. Lagrange et M. Renaud.
- La Terre est le sang des morts.
- Jules Calimbre, Chronique de trois femmes et de trois maisons.
- Maurice Leenhardt, le lien d'un homme avec un peuple qui ne voulait pas mourir.
- La Terre qui s'enfuit, le pays cananques anciens, de La Foa à Kouaoua, Moindou et Bourail.
- Bwesou Eurijisi, le premier écrivain canaque, 2ème édition.
- Les Canaques devant l'économie de marché, 2ème édition.
- Autour du roche d'Até, Les effets de la résistance canaque sur l'axe Koné-Tiwaka.
- Heurs et malheurs du pays de Numea.
- Et le masque sortir de la mer, les pays canaques anciens de Hienghène à Voh, Gomen et Koumac.
- Découverte de l'Océanie.
- Les Cahiers de Théodore Braïno Kaahwa.
- Sociétés Mélanésiennes, Idées fausses, Idées vraies.
- Ca plait ou ça ne plait pas, Eléments de bibliographie critique, I. Nouvelle-Calédonie.
Il a été résistant et confectionna des documents d'identité pour des juifs ou des réfractaires de 1942 à 1944. Il s'est toujours refusé à signer les manifestes, mais a toujours été solidaire des revendications des peuples premiers du Pacifique Sud.