Jean Baubérot-Vincent est le fils de René Baubérot, professeur d’histoire et de géographie au lycée de garçons Gay-Lussac (Limoges), et de Violette Baubérot-Souttre, professeure de psychologie de l’enfant à l’École normale de jeunes-filles (Limoges).
Marié, trois enfants.
En 1959, Jean Baubérot-Vincent a remporté le 1er prix d’Histoire au Concours général des lycées et collèges. Il a étudié à la Faculté de théologie protestante de Paris puis à l'Université de Paris IV-Sorbonne. En 1966, il obtient un doctorat de troisième cycle en histoire : « L’évangélisation protestante non-concordataire et le problème de la liberté religieuse au XIXe siècle » et le diplôme de l’EPHE en 1967. En 1984, il soutient une thèse doctorat ès-lettres et sciences humaines : « Le protestantisme et la laïcisation de la société française XIXe-XXe siècle ».
Emmanuel Le Roy Ladurie, Henri-Irénée Marrou, Jean-Marie Mayeur, Emile Poulat, Daniel Robert, Richard Stauffer, Jean Tulard ont été ses professeurs.
Jean Baubérot-Vincent a été président de la Section des Sciences Religieuses de 1986 à 1994 et président de l'EPHE de 1999 à 2003. De 1995 à 2001, il a dirigé le Groupe de Sociologie des Religions et de la Laïcité (GSRL, devenu le Groupe Sociétés, Religions, Laïcités – CNRS-EPHE) dont il a été le fondateur. Il a également été co-directeur de l’Institut d’Anthropologie franco-russe de l’Université des Sciences humaines de Russie (Moscou) de 1996 à 2000. Il est Docteur honoris causa de l'Université de Bruxelles (ULB).
Par ailleurs, Jean Baubérot-Vincent a enseigné dans plusieurs universités dont : UQAM, Université de Montréal, (Canada), Harvard, Princeton, New York University, University of Southern California, Columbia (Etats-Unis), Tokyo University, Kyoto University, Waseda, (Japon), Oxford (Grande Bretagne), Roma tre, (Italie), Colegio de Mexico (Mexique), Heidelberg, (Allemagne)...
Jean Baubérot-Vincent a été président du Centre Protestant d’Etudes et de Documentation de 1980 à 1990. De 1993 à 1997, il co-dirigea avec Mme Ishidoh, professeur à l’Université Waseda (Tokyo) le Programme sur « les Valeurs dans l’Education », qui a regroupé des chercheurs de différentes universités françaises et japonaises.
De 1997 à 1998, il a été membre du Cabinet, chargé de la Formation à la Citoyenneté, de la ministre déléguée à l’Enseignement Scolaire, Ségolène Royal.
Jean Baubérot-Vincent a co-dirigé le Programme UNESCO-EPHE : « Les civilisations dans le regard de l’autre » de 2000 à 2003 et a été membre de la Commission Sur l’application du Principe de Laïcité dans la République, Présidence de la République, de juillet à décembre 2003.
- Un christianisme profane ? Royaume de Dieu, Socialisme et modernité culturelle dans le périodique chrétien-social l’Avant-Garde (1899-1911), Paris : PUF, Bibliothèque de l’Ecole des Hautes-Etudes, Section des Sciences religieuses, 1978, 295 p. (réédit. : Archives Karéline, 2009).
- Le pouvoir de contester, contestations politico-religieuses autour de « Mai 68 » et le document « Eglise et Pouvoir », Genève : Labor et Fides (Histoire et Société), 1983, 335 p.
- Vers un nouveau pacte laïque ?, Paris : Seuil, 1990, 272 p.
- La morale laïque contre l’ordre moral sous la Troisième République, Paris : Seuil, 1997, 366 p. (réédit. Archives Karéline, 2009).
- Une haine oubliée : L’antiprotestantisme avant le pacte laïque (1870-1905) (avec V. Zuber), Paris : Albin Michel (Science des religions), 2000, 334 p.
- Religion, modernité et culture au Royaume-Uni et en France (1800-1914), (avec S. Mathieu), Paris, Seuil (Points Inédit Histoire), 2002, 322 p.
- Laïcité 1905-2005, entre passion et raison, Paris : Seuil (La couleur des idées), 2004, 286 p.
- Une laïcité interculturelle. Le Québec avenir de la France ?, La Tour d’Aigues : Éditions de l’Aube, 2008, 283 p.
- Laïcités sans frontières (avec M. Milot), Paris : Seuil (La couleur des idées), 2011, 351 p.
- Les sept laïcités françaises, Paris : Édition de la Maison des Sciences de l’Homme (Interventions), 2012, 176 p.
- Histoire des protestants. Une minorité en France (XVI-XXIe siècle) (avec M. Carbonnier-Burkard), Paris : Ellipse, 2017, 574 p.
- La loi de 1905 n'aura pas lieu. Histoire politique des séparations des Eglises et de l'Etat (1902-1908), tome 1, L'impossible loi de liberté (1902-1905), XII-430 p., tome 2, La Loi de 1905, légendes et réalités, XVIII-584 p. tome 3, L'Eglise catholique "légale malgré elle" (1905-1908), XIV-410 p., Paris, éditions de la Maison des Sciences de l'Homme, 2019, 2021, 2024.
Membre du Conseil d'administration de la Vigie de la Laïcité depuis 2021.
Président des Amis des Concerts de Villefavard (Haute-Vienne) 2002-2022.
Membre du Comité de parrainage de l'Association pour le droit de mourir dans la Dignité (ADMD) depuis 2015.
V. Zuber, P. Cabanel, R. Liogier (éd.), Croire, s'engager, chercher. Autour de Jean Baubérot, du protestantisme à la laïcité, Bibliothèque de l’Ecole des Hautes Etudes, Sciences Religieuses, Turnhout : Brepols, 2016.
- « Jean Baubérot ou la laïcité caustique », dans P. Boniface, Les intellectuels intègres, Paris : Jean-Claude Gawsewitch Editeur, 2013, p. 47-80.
- André Encrevé – Perrine Simon-Mahum, « Jean Baubérot », in P. Cabanel – A. Encrevé (dir.), Dictionnaire biographique des protestants français de 1787 à nos jours, t. I : A-C, Paris : Éditions de Paris – Max Chaleil, 2015, p. 199-200.
Jean Baubérot a publié un essai autobiographique : Une si vive révolte, Paris : L’Atelier, 2014, 230 p.
Notice dans les chercheurs du gsrl : http//www.gsrl.cnrs.fr/