Son père était avocat.
Il fut diplômé en langues arabe, persane et turque de l'Ecole des Langues Orientales. Il présenta une thèse à l’EPHE en 1975, la traduction commentée du "Anis el ‘Ochchaq, Traité des termes relatifs à la description de la beauté de Chéref-Eddîn Râmi" (Bibliothèque de l’EPHE, fasc. 25, 1875).
Directeur d'études à l'EPHE à la chaire Islamisme et religions de l'Arabie
Employé au Ministère des Affaires étrangères, il fut envoyé comme traducteur stagiaire au Consulat de France à Damas (1875-78). Il fut ensuite nommé consul à Istanbul (1878-98). En 1898, il fut nommé à la chaire de persan à l’École des Langues Orientales.
En 1919, il fut élu à l'Académie des Inscriptions et Belles-Lettres. Il fut également membre de la Société Asiatique depuis 1898 (vice-président de 1916 à 1926) et de l'Académie des Sciences Coloniales.
Orientaliste dans le sens classique du terme, Clément Huart accomplit ses recherches simultanément dans les champs de l’histoire médiévale de l’Orient, persan et arabe principalement, mais aussi ottoman ; des langues et littératures arabe, persane (dialectologie persane, kurde) et turque ; et également celui de l’islamologie, de l’islam iranien (chiisme, horoufisme) en particulier, et également du soufisme. Dans ces trois domaines, il accomplit une œuvre abondante et pionnière qui bénéficia largement aux générations ultérieures de chercheurs.
La religion de Bab – Réformateur persan du XIXe siècle, Paris : Ernest Leroux, 1889.
Grammaire élémentaire de la langue persane, Paris : Ernest Leroux, 1899.
Histoire de Bagdad dans les temps modernes, Paris : Ernest Leroux, 1901.
Littérature arabe, Paris : Armand Colin, 1902.
Histoire des Arabes, 2 vols., Paris : Paul Geuthner, 1912-13.
Les saints des derviches tourneurs, 1 et 2, Paris : Ernest Leroux, 1918-1922 ; rééd. 2016.
La Perse antique et la civilisation iranienne, Paris : La Renaissance du Livre,1925, rééd. 2014.
L’Iran antique. Elam et Perse, et la civilisation iranienne, en collaboration avec Louis Delaporte, Paris : Albin Michel, 1943.
École pratique des hautes études, Section des sciences religieuses. Annuaire 1927-1928. 1926. p. 22-24
A. Cabaton, « Clément Huart », Comptes rendus de l’Académie des sciences coloniales, 8, 1926-27, p. 553-555.
E. Sénart, « Discours », Journal asiatique, 1927/1, p. 186-189.
H. Blémont, « Huart (Marie-Clément Imbault-Huart dit) », in Roman d’Amat et al., Dictionnaire de biographie française XVII, 1986, col. 1382-1383.